请问我在下载进行中，更换服务器登陆对下载有什么影响吗？

这要看你下载的文件的提供者在哪个服务器。切换到其他服务器时，有可能会丢失一些原来服务器上正在等待的连接，但连入新服务器时又会找到新服务器上的源。如果新服务器上提供者多的话，速度反而会提升。
其实emule的找档功能是比较强的，会自动搜索服务器列表中的服务器。手动切换服务器可以更快的找到更多的源。