『東京編』
第一幕 『伝説の美剣士―愛ゆえに闘う男』
第二幕 『ガキ侍スッた!モンだ!で門下生』
第三幕 『哀しみの剣士·過去を斬る男』
第四幕 『悪の一文字·ケンカ屋左之助登場!』
第五幕 『逆刃刀対斬馬刀·闘いの果てに!』
第六幕 『闇からの訪問者·黒笠現る!』
第七幕 『月下の死闘·愛する人を守れ!』
第八幕 『新たなる戦い!飛び込んできた謎の美女』
第九幕 『最強の忍び軍団·恐怖の御庭番衆!』
第十幕 『蒼紫·美しすぎるほど怖い奴』
第十一幕『さらば最強の男たち!光と闇の激突』
第十二幕『少年剣士誕生!一番弟子 弥彦の戦い』
第十三幕『めざせ横綱!虎丸のどすこい奮戦記』
第十四幕『小さな命を救え!美人女医·恵の挑戦』
第十五幕 『炎の暗殺集団、神風隊走る!』
第十六幕 『勇気ある誓い!燃えよ秘剣·紫電の太刀』
第十七幕 『夢に向かって飛べ!砲弾娘マリモの冒険』
第十八幕 『走れ!弥彦·逆刃刀を取り返せ!』
第十九幕『雷十太の野望·禁じられた王国の幻想』
第二十幕『真古流の復活!嵐を呼ぶ究極の殺人剣』
第二十一幕 『悪夢の崩壊!雷十太の野望·完結編』
第二十二幕 『初乗り!暴走陸蒸気びっくり大事件』
第二十三幕 『左之助の裏切り!·運命の再会』
第二十四幕 『真夜中の戦い!左之助対剣心ふたたび』
第二十五幕 『真紅の海賊·引き裂かれた剣心と薫!』
第二十六幕 『稲妻の化身!誇り高き謎の女海賊、朱羅』
第二十七幕 『燃え上がる戦慄の島!真紅の海賊·完結編』
『京都編』
第二十八幕 『新たなる血戦への序曲·迫り来る狼の影!』
第二十九幕 『史上最強の宿敵!襲いかかる非情の牙』
第三十幕 『復讐の悪鬼·志々雄真実の謀略』
第三十一幕 『届かぬ想い‥‥剣心の旅立ち!』
第三十二幕 『涙を勇気にかえて!神谷 薫が選んだ道』
第三十三幕 『最強の称号を掴むまで!蒼紫の新たなる闘い』
第三十四幕 『追いはぎ少女·巻町 操の隠された正体!』
第三十五幕 『奪われた村·襲いかかる志々雄の魔の手!』
第三十六幕 『幕末の時を超えて!対峙した志々雄と剣心』
第三十七幕 『衝撃!折れた逆刃刀·天剣の宗次郎対剣心』
第三十八幕 『左之助·極意の修行!破戒僧·安慈への挑戦』
第三十九幕 『逆刃刀を作った男·新井赤空 最後の一振り!』
第四十幕 『恐るべき無情の刺客!十本刀·張との死闘』
第四十一幕 『飛天御剣流の奥義!師匠 比古清十郎との再会』
第四十二幕 『同盟成立·蒼紫が志々雄と手を組んだ日!』
第四十三幕 『生と死の間で!奥義·天翔龍閃の会得』
第四十四幕 『怒涛の決戦·最強集団十本刀集結!』
第四十五幕 『翔ぶが如く!戦艦煉獄 出航を阻止せよ』
第四十六幕 『煉獄炎上!志々雄真実の命運』
第四十七幕 『激突!二重の極み·唸る左之助の拳』
第四十八幕 『救世への再生·安慈の新たなる出発』
第四十九幕 『心眼をとらえた狼·炸裂する牙突零式!』
第五十幕 『約束を果たす時·蒼紫と剣心の再戦!』
第五十一幕 『目醒める時は今·満身創痍の決着!』
第五十二幕 『奇跡を呼び起こせ!葵屋の攻防』
第五十三幕 『巨人対超人·絶望の淵に放たれた一矢!』
第五十四幕 『飛天対縮地!宗次郎 天賦の能力』
第五十五幕 『嵐の夜の惨劇·宗次郎の過去』
第五十六幕 『極限の勝負!瞬天殺 対 天翔龍閃』
第五十七幕 『幕末を駆けた二人·志々雄 対 剣心 最終戦!』
第五十八幕 『時代は志々雄を選ぶのか?剣心最大の危機!』
第五十九幕 『命運尽きず!闘志·今よみがえる』
第六十幕 『勝利を許されし者·志々雄 対 剣心 終幕!』
第六十一幕 『残された十本刀·生きてゆくための選択』
第六十二幕 『京都… 刻まれた記憶·想いを馳せた出発』
第六十三幕 『願い螢の伝説·ある剣客を待ち続けた少女』
第六十四幕 『弥彦王子誕生?華麗なる社交界でびゅー』
第六十五幕 『消えたお宝を探せ!名探偵犬·ノ太郎』
第六十六幕 『薫 感激 剣心のぷろぽ~ず!·』
『TVオリジナル編』
第六十七幕 『煌めく伝説の剣!神秘の剣士·天草翔伍』
第六十八幕 『運命のメダリオ·左之助と小夜の出会い』
第六十九幕 『対戦の地、島原へ!雌雄を決する時』
第七十幕 『雷龍閃の衝撃!闇に葬られた剣心』
第七十一幕 『傀王の陰謀·罠にかかった翔伍!』
第七十二幕 『追憶の日々·翔伍と小夜の哀しき過去』
第七十三幕 『あざ笑う悪鬼!庄三、爆炎に散った火龍』
第七十四幕 『左之助の涙 二人に訪れた永遠の別離』
第七十五幕 『最後の聖戦 激突!ふたつの天翔龍閃』
第七十六幕 『旅立ちの海 希望は哀しみの波を越えて』
第七十七幕 『下関に緋村道場?もう一人の抜刀斎現る』
第七十八幕 『画学生の想う女性·箱根湯の街恋騒動!』
第七十九幕 『勝海舟と剣心·幕末を生きた二人の宿縁』
第八十幕 『終わらない幕末·海舟に課せられた天命』
第八十一幕 『紅葵の策謀·海舟を狙う幕末の生霊!』
第八十二幕 『勝海舟の決意·時代を超えた真実』
第八十三幕 『由太郎帰国·影に潜む黒騎士団の野望』
第八十四幕 『真田忍群と霊薬·お頭御沙薙の狙い』
第八十五幕 『迷走の旅·仕組まれた御神渡りの罠!』
第八十六幕 『地底を舞う赤い陽炎·殺鬼!真田三人衆』
第八十七幕 『シュナイダーの賭け·黒騎士団の崩壊!』
第八十八幕 『ふたつの道標·弥彦と由太郎永遠の約束』
第八十九幕 『まいえんじぇる操へ…京都からの迎え』
第九十幕 『風水の奇襲!張り巡らされた五茫星の謎』
第九十一幕 『うごめく風水の魔力·狙われた神谷道場!』
第九十二幕 『戒厳令の東京府!ばく進する凶器の龍脈』
第九十三幕 『敵は戦場ヶ原にあり!翡翠の紋章を求めて』
第九十四幕 『風と水の挽歌·今ここに死力尽くす!』
第九十五幕 『流浪の最果て·緋と瑠璃の絆は潮騒の中に-』