ZECTがワームの擬態能力を奪うアンチミミック弾の開発に成功した。
完成品はまだ３発しかないが、これさえあればワームとの戦いを終わらせることもできる。陸（本田博太郎）は２発目から、いよいよ本格投入を開始する。
加賀美（佐藤祐基）ら田所（山口祥行）チームはアンチミミック弾による作戦実行を前に、一部の人間を避難させる。
が、その人間たちを乗せたトラックが大量のワームに襲われてしまう。
襲い掛かるワームに逃げる人間たちはネイティブに変身。
ガタックを見て「トップの息子」と謎めいた言葉を吐く。
動揺したガタックは突如現れた乃木（坂口拓）の強烈な一撃に吹き飛ばされてしまう。
ネイティブを大量に殺され、岬（永田杏奈）も負傷。加賀美はネイティブやトップの息子ということに関して沈黙する田所に疑惑の目を向ける。
強引に父・陸に会いに行った加賀美は、ネイティブがZECTを作り、マスクドライダーシステムもネイティブが計画したものであることを知らされる。
加賀美がガタックになることも生まれる前から決まっていた…。
ということは、自分はなんのために生まれてきたのか？
動揺した加賀美は父の前から走り去る。
加賀美から話を聞いた天道（水嶋ヒロ）は、７年前の渋谷隕石よりも前、おそらく35年前にも隕石が飛来しネイティブを生み出したこと、そのネイティブがマスクドライダーシステムを作り、人類はワームからネイティブを守る契約をしたことを知る。
ネイティブとはいえワームはワームだ、と人間とネイティブの関係が納得できない加賀美だが、天道はワームを倒すことに変わりはないと平然としている。
そんな２人の前に田所が現れた。
近くアンチミミック弾を使ってワームを一掃する。加賀美にも参加しろ、というが、ZECTとネイティブの関係に納得がいかない加賀美は前向きになれない。
田所はそんな加賀美をあえて説得せず、一人去っていく。
「俺は人類を守るためなら命をかけてワームと戦う」と言い残して…。
田所の言葉に打たれた加賀美は作戦に参加。
ガタックに変身してゼクトルーパーとワーム殲滅にあたるが、すべてを事前に察知していた乃木が周囲を包囲してしまった。
作戦中止を伝えに車から飛び出した田所だったが、アンチミミック弾を浴びてなんとネイティブに変身してしまった…。
まさか、田所さんまで…!?
度重なるショックに戦意を喪失したガタックは乃木の猛攻を浴び、変身を解除。
田所に対しても敵意をむき出しにする。
そんな中、天道はカブトに変身。乃木もカッシスワームへと姿を変え、互角の戦いを展開するが、カブトはハイパーカブトとなりパーフェクトゼクターで最後の一撃を見舞う。
が、その途中でカッシスワームはすべての動きをフリーズさせてしまった。
動きの止まったハイパーカブトに強烈な一撃を見舞うカッシスワーム。
大きく弾き飛ばされたハイパーカブトは……。