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文库本与Web版的简要差异(滚动更新)：
（1）开头追加了转章IV，时间轴为2026年7月6日，主要内容为明日奈、凛子和中西的对话，涉及到护卫舰《长门》的异常动向。中西：“日本没有军舰……”（rkl：当年要不是国共内战，占领日本的就不只是米国而是英美苏中四大流氓了。ps：当年有三个分区占领日本的计划，参见中文维基。）
（2）飞龙能够到达第30层以下的位置，与Web版里无法接近大教堂塔楼存在区别。
（3）守卫塔楼的石像鬼名称由Web的Drone改成了Minion。
（4）新追加的设定：整合骑士在任务以外，禁止和普通人接触。
（5）Eugeo在对No.1的战斗中，使用了武装完全支配术的第二阶——记忆解放，也就是Release Recollection。
（6）追加设定了四旋剑（也就是第50层那4个战斗力只有5的渣渣）的名字。
（7）爱丽丝在被改造为整合骑士前，以见习修女的身份在大教堂度过了两年。期间曾利用日程表的漏洞，偷偷溜出去参加过一次夏至祭。此外，只有当被正式任命为骑士的时候才会被授予编号（见习骑士没有编号，两个熊孩子则是特例）。
（8）桐人曾向优吉欧传授过神圣语——也就是英语的相关知识。
（9）在优吉欧的视角中，追加了青蔷薇之剑的记忆。
（10）删除了桐人脑中意图让优吉欧和爱丽丝作为UW与现实世界沟通的大使，以及“UW正遭受着外部世界更外侧的威胁”两句内容。
（11）构成大教堂最顶层柱子的不再是持剑的神像，而只是单纯的黄金大剑。
（12）优吉欧被Administrator洗脑成功，成为了整合骑士。值得注意的是，对“爱丽丝会和桐人一起离开自己”的担忧变成了“爱丽丝会怎样看待犯下禁忌的自己”。
（13）在第96层追加了小丑的一段话，爱丽丝是由于拒绝说出那句Remove Core Protection（Web里的这一句为Release）而被强制合成，经过三天三夜方才完成仪式。仪式后昏迷的爱丽丝被搬到了第99层，随即被Administrator植入了模块。
（14）追加了第99层的设定，向上通过升降盘与第100层相通，但需要通过向天花板发射光元素才能触发。
（15）优吉欧成为整合骑士后下到第99层，他在被洗脑后没有植入伪造的记忆（推测是时间不足），并说出“那个人已经将我想要的给我了。对我来讲，这已经足够了。”暗示他和Administrator在第100层发生了某类事情。此外，他对任何与过去的记忆相关的词都没有任何反应。
（16）桐人一度陷入恍惚状态，但在听到爱丽丝的话后重新打起精神。第13卷以桐人和优吉欧开始一对一战斗结束。
（17）元老们的状态由web中的“捆在椅子上”改为了“关在箱子里，只有头和肩膀以及双臂露在外面”。rkl认为，这和前面爱丽丝曾经偷偷溜出去看夏至祭一样，是Web终章打包快递一段会保留下来的暗示。
（18）优吉欧通过心意从桐人手中夺走了青蔷薇之剑。