第一篇 假说的开始
『新世纪福音战士』是一部非常成功的日本动画。它几乎可以说是日本动画的经典。它之所以成功，不只是因为剧情的紧张刺激，它的教育性也是一大要素。然而，最重要的应该是故事中的各个扑朔迷离的疑团。正因为这些疑团解不开，让观众更想去解，所以，看了这部动画的人，恐怕没有未曾想要解谜的人吧﹗这可以说是它最吸引人的地方。
在下也是观众之一。在下也非常迷它。看过多遍，经过反复推敲后，在下写下这个假说来解释这些谜团。称之为假说，是因为真理是在庵野大神心里，我只不过是在猜度他心中所思。而且，这也符合科学的精神。在科学上，对於一些未解的谜，科学家通常是先自己提出一些假想，然后再进行实验，看假想是否可以成为学说。这就是我在这里所做的事情了。
这个假说也许会有很多破绽。至少，有一个大破绽就是它没有解释到亚当后来的去处。也就是说，我猜想不到亚当被加持运到NERV之后去了哪里（没再出现过）。也许，那个胚胎不是亚当也说不定。总之，假说里没有包函后来亚当的去处。
在这个假说内有一些地方会提到一些关於灵魂的事。有鉴于此，我先在这里提一提，以便后来方便解说。在这个假说内，我将灵魂分成意志和记忆﹑知识两个部份。“意志”是灵魂中最重要的部份。它即是我们所谓的思考能力和判断能力。“记忆﹑知识”这一方面则无需多讲，字面意思已够清楚。其实它还可以被细分，即记忆和知识各成一部份，然而，这个假说不需要它们如此细分。
有一点要先说清楚的就是，在这个假说里，在下会用到很多“神”这个字眼。我要在这里珍重说明，我并不是要在这里传教或对神不敬。只不过，故事中确实有它自己定义的神。若有任何不敬之处，请多多包涵，并请写信给我，以便让我及早作出道歉和更正。谢谢﹗
好，假说开始……
第二篇 神的发现
1999年初，有一班人在日本靠近东京的一个地方的地底发现了莉莉斯（神）。这一班人便是西里。在发现莉莉斯之前，他们早就对人类的未来感到一片灰暗，认为人类到最后必然是自我毁灭。他们当中，有些是联合国的最高层人物，有些是生物科技的权威。他们发现了莉莉斯（神），更由莉莉斯的指引下发现了在南极冬眠着的（神造的）第一使徒亚当，第二使徒夏娃和两枝龙基奴斯之枪。然后，他们便组织一些空核公司，以便筹资对两个使徒进行研究。
就在这之后，西里计划好要引发毁灭全人类的第二次冲击。他们从神那里学到灵魂中“意志”的转移和“记忆﹑知识”的複制。他们也从神的口中知道生命是如何诞生的。神制造第一和第二使徒是要他们作为生命胚胎。当黑色月亮莉莉斯之卵充满生命时，将生命胚胎植入地球的话，黑色月亮内的生命也将获得释放，地球也因此有了生命。那么，相反地，如果生命胚胎答应回归于神而神也答应回收生命胚胎的话，地球上所有生命将毫无选择地回归黑色月亮。这就是毁灭全人类的过程。
也就是说，引发第二次冲击需要几个道具：莉莉斯，一个生命胚胎（即第一或第二使徒），一枝能将使徒还原成生命胚胎的龙基奴斯之枪和组成生命之树引出黑色月亮的九个巨大生命体。当时，他们所欠缺的是后面那九个巨大生命体。所以，他们在南极对亚当和夏娃穿上拘束具（以限制它们的力量）后便开始仿制它们……
好，先停一停，说说我凭什么会有这一段的假说。莉莉斯在剧中的地位应该是神，而非亚当的前妻。为什么呢﹖在剧中，我们听到很多角色（西里，冬月，律子）都有说到关於神的话。若剧中没有所谓的“神”的话，那么他们岂不是在讲废话﹖这是不可能的。那么，这就是说剧中必然有着这么一位“神”。那为什么是莉莉斯呢﹖相信这已用不着多说，除了莉莉斯不作第二人想。这是因为在The End of Evangelion 中，是她（她应该是女的）在回收所有的生命入黑色月亮而非其他人。
为什么这些事情发生在1999年﹖相信你们应该知道，由加持调 查而得，那些空核公司是在1999年成立的，所以我才有此推测。至於“意志”的转移和“记忆﹑知识”的?}制，我假设他们是从神那里学到的。若不然，接下去会有很多地方无法推论下去。其中一个最重要的问题就是：为什么莉莉斯的灵魂会在凌波丽身上﹖没有这个假设就回答这个问题。那么，为什么生命诞生的过程是那样的呢t其实，那是我的猜度。详细看其相反过程（即毁灭人类的过程），你就应该发觉，将“神”换成“大凌波丽”和将“生命胚胎”换成“初号机”，那就是第三次冲击发生的过程了。将这个相反过程掉转，这就是我猜测的生命诞生的过程了。那，这岂不是在说初号机相等於生命胚胎﹖这稍后自有分晓。
第三篇 第二次冲击的前奏
……就在这时，碇唯在生物科技的才能惊叹了西里，使她被介绍加入了西里。而六分仪源堂知道这消息后便开始追求碇唯，为了要加入西里。最后源堂也确实加入了西里。
然而，好景不长在，西里在南极的研究被联合国的官员发现了。虽然西里也有一些人是联合国最高层人士。然而，并非所有最高层人士都是西里的人。因此他们要求介入研究。这件事情的发生，应该是在1999年年尾至2000年年初之间。西里当然非常不甘心，可是却也没办法不让他们介入。於是，西里交出了亚当，将夏娃﹑他们研究的成果和他们仿制的巨大生命体隐藏了起来。就这样，联合国成立的葛城调查团接收了亚当，重新开始研究。
另一方面，西里的一些生物科学家（碇唯和京子的丈夫）暗地里开始以自己的细胞複制人类。他们这么做因为这也是生物科技（且是人类自己发展的科技）里面重要的一环。这便是第一﹑第二凌波丽和渚薰（渚薰较迟些）的诞生。然而，複制人没有灵魂。也许因此，複制人后来被用为灵魂容器。
到了2000年9月，葛城调查团的研究已经有了一些进展，他们也开始想要仿制亚当了。获得这个消息后，西里开始感到着急了。葛城调查团若成功仿制亚当的话，所仿制而成的巨大生命体将会对他们毁灭全人类的计划造成威胁。毕竟，只有巨大生命体才能对抗巨大生命体。於是，西里提早发动第二次冲击……
在这里，我认为联合国一开始的时候是跟西里搞对抗的。为什么如此说呢﹖在Death 的开头里，当葛城调查团在进行研究时，源堂和基路‧罗兰兹（西里的首领）一直在数说他们的不是。可见西里和葛城调查团之间是不合的。所以，当时他们两个集团如何搞勾心斗角的勾当可任君想象。可是，为什么说葛城调查团也想仿制亚当呢﹖在Death 里，当源堂和基路在数说他们的时候，你应该会听到（虽然很小声）这样“它的动力是理论外的”﹑“应该把动力系统设得靠近一点”及等等的一些话。如果只是纯粹研究原理的话，应该就不会有第二句话的。所以，可以想象得到，他们当时已经开始要仿制亚当了。其实，就是这一句话让我联想到很多东西的。不过，迟一些再说其他的联想吧。
至於複制人的东西，相信已经不会让人感到惊奇。複制羊多莉已出世多年，就算现在你跟我说複制人已诞生了，我也不觉奇怪，虽然会觉得有一点不应该。然而，在这里，我假设複制人只有肉体而没有灵魂。当然，我没有複制过人，不知道实际情况会否如此，但我相信剧中也是如此假设的。若不然，剧中就不只三个凌波丽了。为什么说第一和第二凌波丽都是在这时候诞生的呢﹖这个在这里很难解说得清楚。我不知道複制人一开始的时候是否和西里的毁灭计划有关。总之，到后来，複制人是被用来做灵魂的容器。所以，这其中就关系到灵魂的流程。所以，第一和第二凌波丽应该在这个时候就被複制出来了。渚薰也应该是如此。那么，渚薰是複制自京子的丈夫﹖是。不过，这个问题在这里更不可能说得清楚，要等到渚薰出场时才说。
第四篇 第二次冲击的发生
……2000年9月14日，第二次冲击开始。在南极的另一边（西里隐藏夏娃的地方），西里手上所有的巨大生命体开始攻击夏娃。同时，亚当受到感应，不顾一切地想要从葛城调查团的基地赶去救夏娃。然而，当它刚刚跑出那个基地时，夏娃的灵魂已被转移至一个灵魂容器里（第一凌波丽），产生爆炸。
亚当生气极了，自行破坏人类给予它的拘束具，产生了第二次爆炸（第一次和第二次爆炸之间的空挡就让美里的父亲救了美里），并伸展出它四个巨大的翅膀。龙基奴斯之枪突然飞到亚当面前便停下来。西里的其中九个能飞行的巨大生命体咬着亚当的翅膀带它到高空并组成生命之树。但是，意外发生了。当它们开放S2机关产生反AT力场时，有几个巨大生命体可能仿制得不好，崩坏了。也就是说，生命之树组不成了，引不出黑色月亮，计划失败。然而，他们应变得很快。他们赶紧将亚当还原成胚胎状态。而且，他们也害怕这次对使徒的攻击会使莉莉斯对他们作出报复还是什么的。就在当天，他们先下手为强，移植了莉莉斯的灵魂到第二个灵魂容器（第二个凌波丽）身上。
这便是南极大爆炸事件。
联合国里非西里派的高层人士对西里的作法无法容忍，於是，战争爆发。战争一直要到2001年年尾才结束，这一连串的悲剧，史称“第二次冲击”……
在说我为什么会想到南极大爆炸事件的模型之前，我先要对“第二次冲击”这一词作出一些解说。时常，我们将“地轴转移”，“人口减半”等现象与第二次冲击相连接，尤其以后者为甚。然而，在剧中，第二次冲击并非只是南极大爆炸事件（他们原先的计划失败了而变成南极大爆炸事件）而已。它也包括了之后一年间所发生的各种天灾人祸。南极大爆炸事件最多也只是牺牲了几千人（葛城调查团的人不会超过五千吧）罢了，后来的战争才是导致人口减半的最主要原因。而据我猜测，后来所发生的各种天灾人祸应该是西里意料之外的。若你由利益的角度来看﹑来想他们牺牲了一半人口却得到了什么的话，那么，我相信，你必然得不到什么结论。
先说利益吧，老实说，我想不到他们会得到什么利益，因为，这应该不是利益的问题。想想，在The End of Evangelion 里面，当他们开始仪式的时候，他们一起整齐地说出了一些同样的话，仿彿在虔诚地唸经。那时，我就觉得毁灭世界早已成了他们的信仰（我在第二篇里也提到过）。若是信仰，就无怪他们一定要这样做。而且，在第三次冲击里，他们的灵魂也跟其他人一样被回收（合而为一）了。那么，他们又跟其他人有什么差别呢﹖所以，我的结论是，他们要引发第二次和后来的第三次冲击并非是为了什么利益，而是为了信仰﹔与其用核弹来毁灭，不如大家都回到黑色月亮，还能达致人心的补完。这就是他们的愿望。
好，说完他们的动机，就说说我为什么会如此推论南极大爆炸事件的过程。记得吗，在The End of Evangelion 里面，当九个量产型五号机拖着初号机组成生命之树时，伊吹比较十五年前和目前的资料时说：“怎么跟第二次冲击的情况一样﹖难道这就是第三次冲击的预兆﹖”因此，从第三次冲击中就可推测出第二次冲击是如何发生的。将第三次冲击中的“二号机”换成“夏娃”，“初号机”换成“亚当”，“量产型五号机”换成“巨大生命体”，这就成了第二次冲击的过程了。为什么会安排到她（伊吹）在生命之树刚组成时说这番话呢﹖其实，这是在暗示着在那之前的情况非常相似，在那之后就不一样了。
还不相信吗﹖记得从第一集开始，“第三次冲击”这个字眼是要等到明日香捕捉胚胎使徒时才出现。当时，NERV可说是第一次对使徒进行进攻，还说若不成功将会引发第三次冲击。源堂还在上空佈置了多颗N2爆雷。其实，这件事情或多或少已经暗示了当年人类主动攻击使徒才引发第二次冲击的。这也算是一个佐证吧。
至於组成生命之树之后的过程，任君想象吧，总之是失败了，亚当被还原成胚胎，且，莉莉斯和夏娃的灵魂也确实被移植了。
然而，美里不是说过关於第二次冲击的事情吗，怎么会不一样﹖在这里，我要珍重地说明：我否定了美里所说的话。为什么﹖第一个原因是直觉。美里的资料全得自电脑，正因此，她的资料是不全对的。没错，第二次冲击时各种探测器的资料是会被储存在电脑里。然而，西里引发第二次冲击的真正目的会写在电脑里吗﹖我不认为会，对於这种高机密的事情。就算会，也必然是一些假的东西。第二个原因是很重要的证据。当日本自卫队入侵NERV总部时，第三凌波丽失踪，美里竟说：“快点把她找出来，会被杀掉的。”如果她知道所有真相，她也必然知道凌波丽无论如何都不会被杀。凌波丽在第三次冲击中扮演着无可取代的角色，西里当然不会要杀她。然而，美里竟然那样说了。这也就表示美里不知道凌波丽的重要性，而把她当作一般驾驶员看待。所以我不认为她的话就是真相。但是，无论如何，美里从电脑里得到的资料有很多还是对的。譬如，她说莉莉斯是人类的始祖。这是对的，间接暗示了莉莉斯是神。
第五篇 西里只手遮天
……战争的结果是西里胜利了。而且，经过一些排除异己的过程，西里可以说是已经完全掌握了联合国的主权。也就是说，他们拥有世界上最高的权力。
而且，经过这一次的失败，西里当然开始检讨自己的过失，并订下了一个完美的计划。这个计划便是《死海文书》。《死海文书》其实是一套剧本，一套能确确实实达致回归神的剧本。他们将夏娃和那些‘用剩’的巨大生命体收藏起来。而且，由於莉莉斯的灵魂已被取走，他们也就直接地研究和仿制莉莉斯，无需再研究神造的使徒了。这便是E 计划。同时，他们也对灵魂容器的记忆进行封印（即给他们吃那些怪药）。在E 计划中，夏娃也被改造成初号机。只不过，这些计划并不能让世人知道，所以，2002年，他们指示联合国发表陨石的谎言。
但是，冬月对这样的说法存有怀疑。他私自展开了调查，并获得了一些蛛丝马迹，然后便去质问源堂。源堂知道冬月在生物科技方面是人材，便带他下去参观实验室，激起他在这一方面的兴趣而使他加入他的组织。冬月看了那些巨人，确实感到有兴趣，便加入了和源堂一夥。其实，那时冬月是挺讨厌源堂的（所以才会来势汹汹的质问他），但是他确实对生物科技很有兴趣，所以才加入的。这时候，赤木直子早已加入，开始了“三贤人”的基础理论。
这里要补充一点东西，那就是：西里除了隐瞒世人外，他们连自己的属下也进行欺瞒。这也就是说，知道所有真相的人非常少，只是有西里﹑源堂和碇唯罢了。他们欺瞒了什么﹖他们对属下骗说在最后仓库的莉莉斯就是亚当，而且，使徒接触到亚当会引发第三次冲击。当时，直子就是其中一个被欺瞒的人（后来律子也是）。所以，当冬月被带去参观实验室的时候，他看到一个EVA ，他问：“难道是那个巨人（指光之巨人）﹖”直子才会回答说：“是，不过不是原来那个，这是我们仿制的。”他们当时正在仿制莉莉斯，她这样说就表示她以为他们正在仿制的是光之巨人，也就是亚当。亚噹噹时在西里手上，并不在第三新东京市地底。她受骗了。
这也就是说，当时西里已经只手遮天……
很清楚地，剧中的《死海文书》跟真正考古学的《死海文书》是不同的。而且，所指的“死海”也不同。前者指的是南极，后者则是真正的死海。真正的《死海文书》的内容到现在都还没有翻译完出来。到目前，很多已经翻译了的篇章都是圣经的重写。有一些则是关於末世的诗。然而，似乎并没有一个篇章说出十七使徒攻击人类的事情。所以，在这里，我假定《死海文书》是西里他们定下来的。
为什么说在第二次冲击后西里就掌握了所有权力﹖这是因为在那之前，葛城调查团的介入似乎是他们不希望的，所以才会有那么多嘀咕。但是，之后的各种计划都畅通无阻地进行。1999年的计划失败让他们意识到要确实执行毁灭人类的计划需要更多的权力才行。所以，2001年间的战争很可能是西里在联合国里面排除异己的结果。不过，由於我非常缺乏这一方面的资料，以致根本无法进行推理，所以只是在这里提一提。
至於说西里欺瞒属下的那种说法，其实，相信这不难想象。然而，若不如此假设，后面有一些角色所讲的话会自相矛盾。上面直子和后面律子的说话就是其中的例子。事实上，经过这样的假设，事情变得更複杂。因为不是每一句话都是真的，所以要小心地选择真话，使推理更趋複杂化。不知道全部真相的人有可能会说假话﹔知道真相的人在不知道真相的人的面前可能不会说真话。这些真真假假的东西会让人想到要暴走。
除此之外，更要对每个人的所知范围进行概念性的规划，这样才能让人更清楚到底谁真谁假。知道所有真相的人是SEELE ，源堂，碇唯和冬月。律子不知道零号机的灵魂是她妈妈﹔她知道EVA 是仿制自最后仓库里的那个巨人，也知道第二凌波丽的灵魂其实来自那个巨人，但她被告知那是亚当，光之巨人。直子也被告知那巨人是亚当，光之巨人而非莉莉斯﹔她知道第一凌波丽是碇唯的複制人，所以猜想凌波丽会有后备。加持拼了命找寻真相却只找到最后仓库的那个巨人就是他当初带来的亚当这个谎言﹔从电脑中，他以为第二次冲击的发生是因为SEELE 未免使徒进化成功而使亚当还原成胚胎状态而造成的﹔他以为使徒和亚当接触会发生第三次冲击﹔他知道人类补完计划的理论﹔他知道SEELE 要用EVA 来引发第三次冲击。这就是他所知道的东西。美里知道的跟加持完全一样。
第二和第三凌波丽不知道自己的身世（记忆封锁的缘故），除此之外她们几乎什么都知道。渚薰（或第一凌波丽）也不知道自己的身世，不过他知道他和第三凌波丽一样都是碇唯的複制人，也看过和知道莉莉斯﹔在SEELE 那里时，他被告知使徒接触亚当将引发第三次冲击，而这也是他生存的目的。至於明日香和真治，他们知道的东西就更少了。
在这里，我又有一个大胆的说法，那就是：EVA 其实是仿制自莉莉斯，而非亚当。在电影版最后，当碇唯和冬月再出现时，碇唯说：“这就是人类複制神的原因。”也就是说，EVA 是从神（莉莉斯）仿制出来的。这是一个重要的证据，因为，碇唯是其中一个知道真相的人。第二个佐证：除了初号机和五号机，EVA 都似乎没有光核，因为莉莉斯也没有光核。初号机和五号机是特别的，迟点再说。第三：亚当在明日香初出场时才以胚胎状态出现。这时零号机已经仿制出来了，它该仿制自谁呢﹖
第六篇 碇唯和冬月的想法
……但是，在组织中，有两个人私底下对西里毁灭人类的计划不以为然。他们就是碇唯和冬月。只不过，他们也很清楚知道，世界上恐怕没有任何力量能够阻止到西里。因此，冬月想要解开第二灵魂容器（第二凌波丽）记忆上的封印，也就是指那瓶药，以便让莉莉斯来阻止西里。
然而，碇唯却认为那太冒险了。谁知道莉莉斯恢复了记忆且若又得回那副身体的时候会作出什么事情出来，会不会记恨于人类而因此毁灭人类呢﹖谁知道﹖而且她已想好了对付西里的方法。正因此，她才要去当试验驾驶员，她要让自己的灵魂完全融入初号机里。为什么呢﹖她说了，那是时势所迫，也是为了她的儿子真治。其实，碇唯曾经对源堂说过她的这个计划，只不过，当时源堂已勾搭上直子，对碇唯的计划不理不睬，碇唯对她的丈夫已不存希望。正因此，她才会和冬月说，希望有人能讚同她……
其实，我对冬月所说的那个封印一直是我思之不解的一环。在这个动画里，什么东西是最像封印的呢﹖脑中第一个想到的便是插在莉莉斯身上的龙基奴斯之枪。然而，当我再重看动画的时候，才发现当时龙基奴斯之枪并不在第三新东京市。记得吗﹖当那个雷天使攻击第三新东京市时，源堂和冬月一起去了南极，为了拿那把龙基奴斯之枪。所以，封印一定不是指那个龙基奴斯之枪了。那么，封印为什么一定是指那瓶药﹖老实说，除此之外，我再也想不到还有什么东西像封印了。
为什么碇唯要让自己的灵魂融入初号机中﹖相信上面的解释太不足够了。先说说初号机的来源吧。剧中，初号机很特别。它很特彆不只是因为它的灵魂就是碇唯，它在第三次冲击所扮演的角色也是无可取代的。其他的EVA 简直跟它没得比。所以我就很怀疑它的来源。若初号机是跟其他EVA 一样是仿制自莉莉斯的话，那么，它应该和二号机差不多一样。然而源堂非一般地看重初号机，这就表示它的来源非常特别。而我在这里的假设是，其实它就是夏娃。正因此，在第三次冲击的时候，它才能被还原成生命胚胎，并经由真治的同意，被回收到神的身体里。正因此，第三次冲击才会开始（真治真该死）。似乎说得有一点离题了，但是初号机的来源也是假说里重要的一环。
碇唯知道以人力的方式已不可能阻止到西里。正因此，她希望这个第二使徒夏娃（初号机）得到智慧之果，由她自己控制夏娃。当神问生命胚胎要不要回归的时候，如果那个生命胚胎没有自由意志（即智慧之果）﹑不能自行做决定的话，生命胚胎必然跟着神的指示而回归，毁灭就此展开。相反地，如果夏娃有智慧之果﹑能自行做决定且决定不回归的话，毁灭就会被停止。这就是碇唯的愿望：让儿子来选择。
第七篇 2015年之前
……2004年，碇唯进行初号机的启动试验。她的灵魂如她所愿地融入了初号机内。源堂曾尝试救出碇唯，但失败了。自此，源堂整个人变了。他终於知道自己是爱碇唯的。因为如此，他决定了要执行碇唯生前对他说的那个计划，也更快地进行人类补完计划，以便在第三次冲击时能再见到碇唯。这时候，冬月看到源堂对碇唯确实有良心，开始和源堂和好，最后成了源堂的左右手。冬月也想执行碇唯的计划。
差不多同时，在德国，二号机建成后，明日香的母亲作为驾驶员进行试验而被弄至精神污染。最后，她自杀后，灵魂也被转移至二号机内。
后来，美里﹑律子﹑加持等人相继加入了Gehirin （或Nerv）。
某某年，三贤人超级电脑完成。源堂使计令直子自杀。被勒杀的第一凌波丽的灵魂（夏娃的灵魂）后来被转移到渚薰身上并被带到SEELE 那里去。他不想再呆在源堂身旁，因为他已知道源堂只当他是工具。直子的灵魂也被转移到零号机内。冬月知道直子的灵魂被转移，但是他不知道直子是被源堂使计杀死的，也没看过渚薰。这件事情后，Nerv成立，所有Gehirin 的成员转编入Nerv，负责Gehirin 所有的工作。
这一切都是第三次冲击的准备过程。《死海文书》里预定在2015年发表它一切的成果……
说第一凌波丽的灵魂（原本是夏娃的灵魂）被转移到渚薰身上相信不难接受吧。第一凌波丽正在被勒死时，她眼中映出了渚薰的样子。我认为那一幕是暗示着这个灵魂的转移。若不然，第一凌波丽和渚薰并没有什么关系（除了同为複制人之外），为什么会有渚薰的身影﹖
第八篇 2015年的开始
……到了2015年，第二凌波丽进行零号机启动试验。神经连接开始时，零号机里的灵魂，也就是直子的灵魂，发觉到驾驶员实在像她勒死的凌波丽，可是这个凌波丽的灵魂又明明不是那个凌波丽。她情绪大乱，殴打她恨（也爱）的源堂，排出驾驶舱，然后乱乱打墙壁。实验由於零号机的暴走而停止。
当真治出场的那一天，西里以之前‘用剩’的巨大生命体，冠上“使徒”的名义，揭开了第三次冲击的序幕。西里这么做有两个目的：第一是要处理废物（指那些巨大生命体）﹑第二是视线转移，让世人的视线转移到所谓的使徒身上，那就使人看不到背后的人类补完计划。所以，真治被迫应战……（之后有很多东西会被省略）……
第五话，凌波丽又在进行零号机启动实验。这次，直子（零号机的灵魂）已确知这个凌波丽并非那个凌波丽，接受她作为驾驶员。只不过，直子对凌波丽仍有心理上的一些瑕疵，所以零号机的同步率一向都是三架机中最低的。
第八话，据《死海文书》，原定二号机在刚上岸时才会遇到使徒的。也许是一时的错误，鱼天使早了一点遇到那队舰队，没办法也只好攻击舰队了，并一个船一个船慢慢地破坏，让人以为它是在寻找东西，其实它在等二号机出现。这个跟《死海文书》里写的有些不同，不过还好后来圆满解决，所谓的货物安全送到NERV手里……
为什么说零号机的灵魂是直子﹖相信已用不着我多说，因为它的疑团能被我的假说圆满解释。
咦，原来使徒是人造的吗﹖是的，这就是假说中的一个大胆假设。为什么那么说呢﹖第一，我很怀疑使徒和《死海文书》的来源。若使徒真是人类的敌人，难道它们会写出一本叫《死海文书》的书，告诉人类它们要来袭的时间，好让人类准备吗﹖第二，其中一个使徒（渚薰）是由SEELE 直接送过来的。第三，也是最重要的，后来的EVA 五号机似乎比使徒还要利害。人造的东西是不可能利害过神造的东西的。所以，如果那些使徒是神造的话，这将产生矛盾。
所以，由此我们就可以看出：其实一切事情都是在SEELE 的掌握之中。
第九篇 第十二话到第十四话
第十二话，源堂和冬月一起到南极去寻找龙基奴斯之枪，因为龙基奴斯之枪是重要的道具之一。适时，空天使来袭，三架机合力抵抗，初号机受到损坏。不过，当时源堂并没有责备任何人，因为他在南极已找到他要找的东西，心情非常好。
第十三话，微型的使徒入侵。源堂接到基路在电话中的命令后，马上叫日向诚停止警报。当时，西里要让委员会怀疑源堂所说的话，这才能使NERV的预算删减成功。源堂其实也知道西里的阴谋，但源堂还不想太早露出背叛的迹象，所以也就照做了。另一方面，源堂那时曾经在人前说过：“太危险了，太靠近亚当了。”
其实，西里是一切阴谋的根源，但它是暗地里的。委员会是联合国底下管理NERV经费的组织。虽然委员会的所有成员都是西里的人，但是它的会议报告却能被其他联合国官员看到，所以要删减NERV的经费也需费一番功夫。
第十四话，真治和凌波丽进行初号机和零号机动交换实验。凌波丽和初号机的同步没有问题﹔真治和零号机却发生暴走﹔明日香和二号机更没有参与实验。这是有原因的。通常，EVA 里的灵魂都不会特别排斥驾驶员的，因为有了驾驶员，它们才能够动得了。当然，如果EVA 机里的灵魂与驾 驶员有亲属关系的话，同步率将会更高，以达到更高的效果。所以，凌波丽能和初号机同步，不是因为凌波丽是她的?}制人，就算不是，碇唯也会接受的。明日香没有参与实验是因为源堂和律子并没有打算在二号机上使用Dummy Plug。至於真治和零号机：开始时其实并没有问题（因为那个通常的原因），直到真治在Entry Plug里说：“有凌波丽的味道。”然后，直子（零号机的灵魂）便问真治：“难道那个驾驶员就是凌波丽，就是我以前勒死的凌波丽﹖”所以，真治看到了很多第二凌波丽。最后，看到第一凌波丽后零号机便暴走。零号机捶打第二凌波丽，可是它又明明知道这个凌波丽并不是以前那个凌波丽。所以，它苦恼极了，用头敲墙壁，直至没电为止。
发生了这样的事，其实律子也不太清楚为什么会这样，因为关於零号机的事，她是被欺瞒着的。她并不知道零号机里面的灵魂是她母亲－－直子。可能，她被告知零号机里面的灵魂是其他人（我猜想不到是谁）。可是，她自己以为零号机是没有灵魂的。所以，当零号机刚刚暴走时，她说：“难道它（指零号机的灵魂）想控制真治﹖”之后，当美里问她事情发生的原因时，律子又说道：“……难道（零号机没有灵魂而想要真治的灵魂）……不对，不对（如果零号机没有灵魂，凌波丽又怎么可能启动得了它呢）。”然后，律子又自言自语地说道零号机想打的是她。其实，这是她的幻觉。零号机两次暴走她都在场，而且，很可能她就身在源堂和凌波丽的身后。所以，当零号机殴打源堂和凌波丽时，给了律子这样的感觉。
在第十四话的最后，丽驾 驶着拿着龙基奴斯之枪的零号机在最后?}库进行秘密的任务。她用龙基奴斯之枪割下莉莉斯大部份的身体，然后再以之钉住莉莉斯的身体，以免它再生长。之后，被割下的身体被作成了很多个像凌波丽的‘零件’。这些‘零件’，可以用来作凌波丽后备的身体，也可以用来作Dummy Plug……
其实这里也无需什么推理了。要提的是：在第十三话里，源堂要讲那句话是为了继续造就其他人知道的假相。
第十篇 第十五话到第十九话
……第十五话，真治与源堂再次拜祭啶唯。源堂这次会前来拜祭，是因为他想要让自己更下定决心地执行碇唯生前和他说的那个计划。之后，他便和丽一起离开了。从此，他确定要执行那些计划，其中包括了让丽拥有神的身体和那个Dummy Plug的计划。其实，Dummy Plug的计划是这样的：将凌波丽的“记忆﹑知识”複制到各个‘零件’当中，再以那些“记忆﹑知识”为蓝本模拟出人造的性格，之后再以模拟性格写出一套战斗程序。这个战斗程序便是一种仿彿拥有性格的意志了，这就是为什么它能和机体内的灵魂同步（沟通）了。这不是碇唯原定的计划。但是，如果初号机能和Dummy Plug同步，而战斗程序也被写成“绝对不要回归莉莉斯”的话，第三次冲击就不会发生，也就达到了碇唯的目的。
第十六话，当初号机撕裂了影子使徒后，律子曾对源堂说：“如果让真治和凌波丽知道EVA 的秘密的话，他们一定不会原谅我们的。”真治或许会如其所说。但是，至於凌波丽，她是以小人之心度君子之腹。
第十七话，美里被NERV的谍报部问话，NERV的谍报部确定了西里确实如他们自己所定制的《死海文书》一样一次只派出一个使徒。可是，离《死海文书》终结的日期已不远，所以，两个司令感觉到时间的迫近了。
就在这时，美国第二支部被消灭。可是，源堂和冬月并不担心。在他们的计划当中，第二支部和四号机的存在并不重要。只是，S2机关关系重大，所以才会说道要从德国取得。
第十八话，三号机自美国运来。其实，《死海文书》中已经安排好那次的使徒是这样出场的。三号机是建来让使徒附身罢了。所以，三号机刚刚启动时便暴走。战斗时，真治因拒绝战斗，源堂便让初号机启动Dummy Plug，消灭了三号机。
第十九话，初号机里的碇唯因为上一话的事情，知道自己接受了Dummy Plug作为驾驶员分尸了三号机使真治伤透了心。自此，它不再接受其他人作驾驶员。所以，当力天使入侵的时候，不管源堂尝试让丽或Dummy Plug和初号机同步几次，初号机都拒绝接受。所以，当丽要与初号机同步时，丽掩着口说：“已经不行了。”丽知道初号机已不会再接受她。还好，真治后来会回来驾驶，不然，整个NERV总部都会被破坏掉。之后，初号机自行取得了S2机关。这就是碇唯的计划。拥有生命之果（S2机关）和智慧之果（人类灵魂）的（神造）使徒，虽然没有引发第三次冲击的能力，却有能力阻止神引发第三次冲击。所以，知道碇唯计划的源堂和冬月便说道：“一切从此开始呢﹗”这是西里所不想要的……
对於Dummy Plug的原理，我也只能说这又是我的一个假想了。其实灵魂也不是如此吗﹖只不过，在性格之后，我们除了有战斗程序外，还有人际关系程序﹑吃东西程序﹑运动程序及等等可能数不清的程序。由於真正的灵魂是拥有非常多（有可能数不清）的程序的，而且单一个程序也有可能是超级複杂的，所以律子才会说她只是在做模拟罢了。
我说律子是在以小人之心度君子之腹也并非全无原因。到了最后第三凌波丽已经知道了所有的事情，可是对她也没有较深的恨意（全部人都一起回归了）。
在这之后的事情几乎可以说是前面假设的结果，所以我也就不再写下推理过程了。
第十一篇 第二十话到第二十二话
……虽然初号机取得了S2机关，真治的灵魂也被吸进Entry Plug里面了，这会让碇唯计划无法进行下去，因为碇唯的计划是要让真治以后自行选择。所以，源堂要真治的灵魂被救出来。事实上也如其所愿，真治的灵魂被救出来了。
第二十一话，冬月被加持绑架至西里面前。其实，加持有着三份工作。不过，事实上，他只是为了要让自己更接近事实罢了。只是，可惜，他以为的事实并非全部都是真的。话说回来，冬月被审完后，加持也救出了冬月。他可以算是背叛了NERV，也背叛了西里。所以，冬月才会说他：“你不要命了吗﹖”所以，后来杀加持的人，可能是NERV的人，也可能是西里的人，却一定不是美里。因为，当她拿回枪的时候，她问：“怎样了﹖”谍报部的人则回答说：“已经解决了。”
第二十二话，美里开始阅读加持留给她的资料。加持的资料告诉她：引发第二次冲击的亚当（光之巨人）现在就在最后仓库里（其实那是莉莉斯），而EVA 就是亚当的仿制品。除此之外，加持也给美里留下瞭如何骇入NERV电脑的方法。而且，这时西里已着手建造九架五号机（五号机的建造是以之前那些巨大生命体作为蓝本的，所以有着光核和S2机关），并把当时他们手中的那枝在第二次冲击中没用到的龙基奴斯之枪分成九枝。就在这时，鸟天使来袭。明日香和二号机精神崩溃。零号机试用了最强功率的阳电子炮也不行，源堂便以这个做为借口，叫凌波丽使用插在莉莉斯身上的龙基奴斯之枪来解决这个鸟天使。冬月开始时不赞成龙基奴斯之枪的使用是因为怕这会迫使西里提早发动它的毁灭计划。但是，源堂却认为放过这个机会就不会再有机会了，所以，龙基奴斯之枪就这样被抛到月亮轨道去了。
然而，西里对此虽然生气，却并不怎么担心。在南极大爆炸事件里，他们曾经经历过：不管距离多远，只要亚当或夏娃伸展出四支翅膀，龙基奴斯之枪必然会回来。而且，经过这件事，他们确定了源堂的背叛……
第十二篇 渚薰的登场
……第二十三话，子宫天使来袭。丽为了要保护真治，自爆而死。Entry Plug被拿回NERV总部后，里面丽的意志被转移到一个‘零件’上，这便是第三凌波丽。所以，第三凌波丽有着莉莉斯的灵魂和莉莉斯的身体，不过当时她并不知道自己有使徒的能力。接着，律子破坏了Dummy Plug，并说道：“人得到神，欢天喜地地想佔有它。但是因为如此，人才得到惩罚。就在十五年前，得到的神失去了。但是这一次，人想自己亲手令神复活，这就是亚当。而照着神的样子，造出似神的人，这就是EVA 。”不过，由於初号机已拒绝了Dummy Plug，Dummy Plug已不再重要。
第二十四话，渚薰登场。当时的二号机已经自我封锁，由於渚薰是京子丈夫的複制人，他才能和二号机同步。并且，由於有着使徒的能力，同步率可随意更变。这样的能力让人思之不解。
其实渚薰到了西里那里之后便没有再吃（封锁记忆的）那种怪药。所以，当渚薰遇到（第三）凌波丽时，他对凌波丽说：“你知不知道，其实你和我是一样的。”渚薰指的是以前他和她都是凌波丽的事。当时，第三凌波丽听了却不怎么明白（记忆封锁的关系忘掉了），虽然的确有那样的感觉。
约定的时间到了，渚薰便启动二号机开始执行任务。渚薰要二号机的陪同是因为他自己体形细小，没有多大的攻击力。初号机虽然追来了，渚薰还是找到了他以为的亚当。可是，由於一些因素，他不愿意回到亚当里面。第一，他是由西里里面的人抚养长大的，很可能当中有着他尊敬的人。“西里抚养我长大是要我引发第三次冲击来杀死他们﹖”渚薰在心里一直有着这样的疑问。第二，他刚刚认识了真治，也成了好朋友，他也不想杀死真治。所以，当他来到他以为的亚当的面前时便提到了这些疑问。当然，那个地点是西里的人告诉他的。可是，当他细看它的脸部时，他才发现到：“不对，这个……（不是我知道的）莉莉斯（吗）﹖”接着，他便想到：“是吗，原来如此（原来抚养我长大的西里骗我，原来他们也像源堂一样只把我当作工具）……里林（你们这些人类）。”所以，最后渚薰很乐意地给真治杀死……
话说回第三凌波丽。丽听了渚薰的话，虽不明白，但一直记住。当渚薰施展使徒的能力时，丽就想到：“难道相同是指这个﹖”於是丽便试着展开AT力场和飞行的能力，结果真的成功了。自这件事后，丽开始怀疑自己的身世，也就不再吃那些源堂要她吃的怪药，记忆也因此慢慢恢复了……
相信EVA 的推理迷对律子说的那句话非常熟悉。但是，若一切的推理是从那句话开始的话，那就糟糕了，因为律子以为的真相是假的。对於一些事情，她是被欺瞒着的。她知道EVA 是仿制自最后仓库的那个巨人，但是她以为（或说被告知）那个巨人是亚当。她也知道莉莉斯（神）的存在，但是她以为莉莉斯在第二次冲击后就不在了。所以，她的话不能全信。
为什么渚薰会知道莉莉斯﹖记得吗，渚薰的灵魂是之前第一凌波丽转移过去的，因为第一凌波丽看过莉莉斯，所以他也就知道莉莉斯的存在。
就让我在这里说说为什么我认定渚薰是京子丈夫的複制人。我们知道，当渚薰登场的时候，二号机已经自我封锁了。渚薰说过：“因为二号机已经自我封锁了，所以我才有机会同步。”对於这句话我感到很奇怪。既然是自我封锁，那不是更难接受其他灵魂作为驾驶员吗﹖如果把一切都归咎于使徒的能力的话，那么什么推理都不需要进行了，毕竟人类时常将不能解释的事迹归咎于神。所以我认为渚薰能和二号机同步是有原因的。想想看，如果一位母亲连她的女儿都不能接受她，这时候，还有谁能给那位母亲安慰﹖相信，除了她的丈夫之外便没有人能做到了。这便是二号机的情况。当它被明日香心理上拒绝后，便自我封锁。可是，这时渚薰来了，他的外貌非常酷似她（它）生前的丈夫，所以她（它）无条件地接受了（连资料也无需重写）他作为驾驶员。当渚薰要执行任务时，他说：“来吧。”她（它）当然马上跟去，因为她（它）那时已没有其他精神寄託。
第十三篇 世界终结
……最后的使徒也死了，为免源堂再作多多过份的举动，西里便想要尽快发动第三次冲击。为此，他们要取得夏娃（初号机），再以夏娃引出莉莉斯，以便完成第三次冲击。所以，西里透过联合国矇骗日本政府说NERV要毁灭世界，要日本政府派兵攻打第三新东京市。日本政府也确实派兵了。
途中杀出二号机，可是问题不大，因为那九架量产型早已在空运着。不管二号机有没有杀出来，那九架五号机是肯定会出现的……
……在莉莉斯面前，源堂要求丽带他一起上去，以便他能尽快（第一个回归）见到碇唯。但是，那时凌波丽已经恢复记忆，知道在源堂眼中她只是个人偶，所以她拒绝。更何况，她已确定自己已爱上真治，所以她现在要去完成真治的心愿。所以，当她飞到莉莉斯的面前时，她便说道：“我回来了。”神也就得回它的身体了……
……当黑色月亮和大凌波丽被引出来之后，凌波丽变成的渚薰问真治：“好了吗﹖”那时，初号机内的碇唯问真治：“你的愿望是什么呢﹖”如果，当时真治的回答是“继续现在的生活”的话，相信碇唯也不会回归至莉莉斯体内，第三次冲击也不会发生。可是，真治的回答竟是“大家一起去死吧”，所以毁灭才会发生。
这里要说的是，神造的使徒原本是没有自由意志的。即是说，得到“生命之果”的使徒虽有无穷生命，但是不能自行作决定（没有智慧之果），神要它做什么它便做什么。但是，现在夏娃有着碇唯的灵魂，拥有智慧之果，可以决定要不要回归神体内。这就是碇唯当初要当初号机驾驶员的原因。有了智慧之果的初号机，才有能力阻止神毁灭人类。
不过，事实上，凌波丽和碇唯当时都只是想完成真治的心愿罢了。因为真治选择毁灭，所以凌波丽就替他毁灭了。不过，凌波丽还不放心，将初号机回收后，再清清楚楚地问真治一次。但是，真治这一次竟又选择了不要回归。结果，碇唯（初号机）就将真治救出来，杀死了凌波丽，并宛如神一般展开了十二支翅膀，释放了所有的灵魂。之后，由於龙基奴斯之枪已毫无用处，初号机便将之变成不能再用的形式，这也使得其他九个龙基奴斯之枪的分身被破坏掉了。
最后的最后，世界上只剩下真治和明日香。碇唯和凌波丽选择了明日香作为真治的伴侣。明日香想到以后竟然必需跟要勒死自己的人一起过活，所以说道：“感觉真差劲。”
……完。
