晓之玄武浮出水面
3年后晓重磅登场，晓首领欲派出鼬诛杀叛徒大蛇丸，而鼬不知因为什么理由推辞了， 所以晓首领通知玄武下手。另一头大蛇正在准备转生之时，被带着面具的玄武狙击，战斗中大蛇击落玄武面具，面具下赫然是兜，兜说他潜伏在大蛇身边这么多年只是为了学到不老不死之术，如今大功告成而首领又正好下令。大蛇重伤之下抓住佐助逃走后准备强行转生。侵蚀佐灵魂时，鼬忽然出现，用月读使大蛇意志力锐减，灵魂反而被佐吞噬。而佐一直昏迷，并未看到鼬的出现。
卡卡西潜力全开
卡卡西依旧放心不下佐，于是擅离木叶前往音忍营救佐，正好碰上正在清理大蛇残余势力的兜，卡卡质问兜佐的去向，而兜亦对木叶第一技师卡卡的实力很有兴趣，于是两人发生战斗。兜真正的实力令卡卡完全落在下风，昏迷中卡卡想起了带土，后忽然撕开面罩，遮住了写轮眼，说一直以来自己都是使用写轮眼来代替已死去的带土做战，而如今要使出属于自己的力量。兜依然对卡卡不屑一故，认为没有写轮眼的卡卡完全没有资格同自己战斗。卡卡说要用完成版的雷切让兜以及晓见识下木叶白牙的儿子真正的实力。
玉女的出现
全力全开的卡卡西和药师兜在战斗中打得难分难解。为了保卫学生的卡卡西显然更加强过药师兜。就在卡卡西准备击杀药师兜的时候，和药师兜一起行动的玉女出手阻止了卡卡西。玉女警告药师兜他们的任务只是杀死大蛇丸，现在任务完成已经没有必要再久留了。卡卡西当然不肯放过这个机会，但是玉女发出冲天的杀气警告卡卡西如果不识相的话只有杀了卡卡西了。被玉女实力镇住的卡卡西一时竟然动弹不得，只能目送药师兜和玉女消失。不久，得知卡卡西行动的自来也和漩涡鸣人赶到带走了昏迷的佐助。
宇智波一族的故事
鼬离开战斗后，“晓”的另一个成员北斗问鼬为什么要救佐助。鼬回答说因为佐助才是一族里面潜力最强的人，只有佐助才有希望达到他和北斗都不可能达到的写轮眼的最高境界----以团扇之血唤醒沉睡在佐助体内的宇智波一族的圣兽“朱雀”！接着鼬愤怒的指出当年灭族一事就是“北斗”，这个4代火影的同学第2次忍界大战的传奇人物也是第一个发现万花筒写轮眼的---宇智波炎金所操作！可是北斗表示他这样做这是为了让宇智波一族的精英分子遵循先代宇智波的愿望：追求绝对强劲之路！并表示过于和平的生活已经让宇智波一族没落了。同时“北斗”认为宇智波鼬歼灭了全族就是证明鼬的内心也是认同他的想法！鼬表示自己无法打败北斗，但是他留下佐助的目的就是让佐助亲手来消灭他和北斗！
双重间谍
玉女和药师兜复命之后，玉女提出要暂时脱离组织。因为玉女发现了非常感兴趣的东西要独立研究。这时岩之国逃忍三台（第一部的猪笼草）提出如果玉女一再无视组织自己行动的话，就会和大蛇丸一样的下场。玉女说如果三台觉得自己有实力的话随时可以来挑战。这时药师兜说玉女是个很可怕的人，除了组织领袖没人知道玉女的面貌和来历。玉女离开组织一路赶路，在瀑布处遇到了自来也。玉女拿下了脸上的面具，竟然是静音！！静音告诉自来也晓的首领要她监视鸣人的时间就要到了，晓组织准备来夺取九尾了。自来也表示静音很辛苦了，但静音表示这样做是为了报父亲被杀之仇。
九尾的故事
自来也晚上暗会纲手。他告诉了纲手当时在第2次忍界大战的时候，木叶为了取得战术上的优势，进行了一个名叫“日出”的通灵禁术开发计划。当时的负责人除了大蛇丸还有一个人就是3代火影的儿子猿飞心之助。没想到计划还没结束战争就结束了，眼看计划就要成功的猿飞心之助不甘心，继续禁术的研究。同时这项计划也得到了风之国的暗中支持，不久在沙忍村的活体实验成功！心之助非常兴奋决定在火之国进行同样的活体实验。鸣人这个用木叶村各位精英忍者DNA制造出来的最完美的容器诞生了，结果因为妖兽力量太强，实验失败导致了16年前的九尾事件。而猿飞心之助也在实验失败后，杀死了阻止他的静音的爸爸下落不明！他也就是“晓”的领袖青龙。现在经过10多年的准备后心之助禁术已经完善，而“晓”组织也准备用夺来的各国妖兽彻底消灭现在的世界格局，建立他们所希望的世界。
木叶的背叛者
药师兜和静音再次出现在木叶，这次晓的领袖要他们夺回九尾。入夜，药师兜并没有按计划行动，静音很奇怪，兜说有人会吧九尾带给他们。突然自来也带着混睡的鸣人出现！原来自来也才是心之助在木叶安插的卧底，九尾容器的培养就是由自来也负责，自来也的代号就是“晓”之第十人滕蛇！现在任务已经完成，自来也要回组织，同时要以“背叛”木叶的罪名杀掉静音这个晓的叛徒。这时纲手突然出现，责问自来也为什么要这样做。自来也认为分裂的5国就是战争的原因，只有心之助忍界大同才能永远结束战争，所以自己会帮助心之助。自来也表示看在过去的情份上晓绝对不会进攻木叶，自己也不想杀纲手，但是纲手绝对不要干涉他们！纲手认为心之助的计划只能代来世界的毁灭一定要阻止，并表示为了木叶自己会打倒自来也。于是自来也，兜和纲手，静音交战！危机时刻，卡卡西和阿凯赶到，但是晓的另外2个成员北斗和朱雀出现了，战况非常艰难，静音和凯先后身受重伤！
佐助和咒印
佐助回来以后因为灵魂被大蛇丸侵蚀了部分加上咒印的影响一度精神很不稳定。自己甚至责怪木叶不该把他带回来，因为这样自己无法变强。但是春野樱一直在照顾和鼓励佐助，小樱说自己一个人孤独的话根本不能变强，和伙伴们在一起才是真正的变强之路。并表示这次就由她来帮助佐助克服咒印的力量。佐助为了克服咒印一次又一次进行特训，也一次又一次迷失在黑暗之中，但是每一次都被小樱唤醒。渐渐地佐助又变回了很久以前那个开朗的佐助！在特训中佐助开始和自己体内的圣兽朱雀对话，佐助表示自己一定会驯服朱雀。
就在又一次和春野樱特训回家的路上，佐助和小樱遇见了和晓成员苦战的5代火影等人！佐助决定这次自己来保护鸣人。可是在北斗和鼬压倒性的实力面前佐助被打败了，北斗告诉佐助只有独自一人追求强大之路才是宇智波一族强大的动力。这次佐助没有动摇，他认为自己已经找到了最重要的人了，如果离开他们自己的强大毫无用处。可是佐助又一次打倒了，同时为了保护他，樱也被鼬砍到。鼬同时继续嘲笑佐助的无用，这是在大蛇丸残留意识的影响之下，陷入黑暗意识中佐助开始怀疑自己，但是小樱突然出现鼓励他绝对不要放弃之前的努力，接着鸣人也出现嘲笑佐助半途而废，然后是卡卡西老师。。。。。。。。。。黑暗中的佐助突然发现了一条光明之路，在路上的都是自己的伙伴，而在人群深处似乎也有鼬的身影，终于圣兽朱雀觉醒了！北斗准备在朱雀没有完全发挥力量的时候抢夺朱雀。为了阻止他鼬牺牲了自己，临死前鼬告诉佐助自己的罪已经还清了，自己一直爱着佐助。
意想不到的援军：
鼬战死，北斗重伤，虽然因为朱雀的力量太大佐助昏迷了。但是在纲手等人的努力作战之下，自来也他们放弃了抢夺朱雀的计划，不得不撤退。当然用鸣人做为人质要挟，他们的撤退还算顺利。几天后佐助醒来，卡卡西告诉他鸣人已经被抓走了。佐助打算一个人去救鸣人，被纲手制止了。纲手说事关重大，已经通知了其他4国，并准备联合行动打击晓。这时，全身忍术尽失的大蛇丸找到纲手，要求纲手为他治好双手，条件是透露他所知道的全部晓的机密！纲手犹豫了很久，决定同意大蛇丸的条件，但是大蛇丸必须被木叶严密监视。
风之国的变故：
晓组织的白虎沙之叛忍服部才藏和猿飞心之助决定夺取我爱罗体内的守鹤，因为我爱罗是90%成功的人体标本。在沙之国他们的行动一度非常顺利。但是最后在就要把守鹤和我爱罗剥离的时候，木叶派去沙国的使者鹿丸和其他沙忍赶到了。为了顺利脱身，心之助释放了部分守鹤的力量来吞噬没有完全剥离的我爱罗的灵魂！我爱罗被守鹤控制前要求手鞠和堪九郎杀了自己封印守鹤，但是手鞠和堪九郎无论如何也做不到！在犹豫的时候守鹤觉醒。这时鹿丸发觉晓操作妖兽的时候必须以容器的灵魂在妖兽体内作为灵媒控制妖兽，而自己通过控制灵媒控制妖兽。现在我爱罗的部分灵魂被晓所控制，而另部分灵魂和守鹤合体。如果解除晓成员的控制，和守鹤合体的我爱罗没准可以苏醒。可是青龙和白虎的力量太强了，而且还有守鹤的帮忙。沙忍们伤亡惨重，到最后鹿丸他们还是棋差一招，关键时刻堪九郎以牺牲自我的同归战术击败了白虎。堪九郎说这个是他这个做哥哥的第一次也是最后一次帮助我爱罗了。堪九郎的死再次刺激了我爱罗，守鹤的力量被控制了。猿飞心之助只能撤退。
鸣人的故事：
在晓的基地鸣人醒了过来。搞清状况以后他责问自来也为什么要这样做。自来也告诉鸣人：他培养鸣人本来就是为了实现晓的理想，鸣人存在的意义就是成为九尾的容器，鸣人并不是什么废才，而是融合了许多优秀忍者--包括4代火影的基因制作出来的优秀容器。鸣人本身的强大力量就是用来接纳九尾的。自来也告诉鸣人力量用在有意义的道路上才能发挥作用！鸣人反驳自来也说：保护最重要的人就是有意义的道路！只有这样才会强大。自来也说：现在的鸣人连自己都保护不了又怎么能保护别人。只有安心成为九尾的容器才能获得强大。但是鸣人说自己绝对不会违背自己的忍道。这时心之助出现告诉鸣人：固执的保护一村，一国，不合理的利用力量就是3代火影的失败之处。并表示他会用忍界大同的道路来证明自己父亲3代火影的无能。鸣人认为自来也和心之助都错误的理解了3代火影，和3代火影比他们都是垃圾！交涉破裂！晓决定用九尾来侵占大部分鸣人的灵魂，只保留最少的部分来作为灵媒的控制。
忍术天才：
大蛇丸的身体被纲手治好了。但是大蛇丸发现：自己再也不能制造任何查克拉了。发动不了任何忍术，对忍术奇才大蛇丸来说无疑是最大的嘲笑。大蛇丸仍然不放弃自己研究忍术的决心。他亲自找到佐助，要求毫无保留的教佐助自己毕身的忍术知识，让佐助作为自己的信念的延续继续研究世间的忍术。佐助准备拒绝大蛇丸的要求，但是春野樱认为佐助可以接受大蛇丸的要求，不过佐助会按自己的想法研究和使用忍术---保护最重要的人。而且小樱保证自己可以帮助佐助不会因为继承大蛇丸的信念而放弃伙伴！！！！就这样佐助同意了大蛇丸要求。纲手看到后向大蛇丸承认春野樱有能力作到自己当年没有做到的事情。大蛇丸则认为忍术之路只要孤独一人就可以了！纲手则说大蛇丸现在是口是心非。
道不同，不为谋：
深夜，3个身影站在历代火影雕像前面行礼。月光之下发现他们就是：自来也，宇智波炎金和猿飞心之助。等他们行完礼后，纲手和一干上忍出现责问他们为什么要来木叶。3人表示他们这次来木叶绝对没有任何战斗的想法，而且因为想和纲手交涉才故意被他们发现。纲手说自己不会和木叶的叛徒交易，他们3人也不配给火影行礼。3人表示：即使是现在他们也仍然认为自己是木叶的忍者，但是他们的忍道和木叶大多数人的迂腐忍道不同。刚刚他们是向木叶行最后一个君臣之礼，从现在起任何要阻挡他们忍道的障碍都要拔除---即使是木叶也不例外。现在木叶如果不想卷入战争的话就不要再和4国联盟，也不要再和他们为敌了。作为他们的故乡--晓不会向木叶下手！话毕，3人要离开，纲手命令木叶忍者让他们走。夜色中的纲手一脸严肃！此时晓基地的鸣人正在自己意识中和九尾战斗！
伙伴
沙忍发现变故之后，我爱罗为了不连累别人准备一个人离开沙忍村。途中被手鞠，鹿丸，志乃和小李组成的小队追了回来。我爱罗认为反正大家都怕他，他一个人离开应该正合大家的意见。手鞠听到这话非常的生气，第一次出手打我爱罗。当然被沙子阻止没有打成。手鞠告诉我爱罗：堪九郎救他而死不仅仅是作为沙忍执行保卫沙村的任务。更重要的是我爱罗是他们的弟弟！如果我爱罗现在还不清楚这点，他马上可以走，没有人会拦住他！我爱罗又走了，其他人要去追但手鞠不让，可是小李执意追了上去。鹿丸拉住手鞠告诉手鞠：小李可以把我爱罗追回来。小李追上我爱罗，他告诉我爱罗：他已经把我爱罗当成了他一生最重要的对手和朋友！因此说什么也不会让我爱罗独自一个人的。因为我爱罗说也说过：人是不能独自生存下去的！我爱罗同意做小李的对手，两人开始了人生较量的第一场。
鸣人的决断
鸣人不断和九尾的意识作战。每一次鸣人被打倒但是又站了起来！九尾很奇怪为什么鸣人不肯放弃。鸣人说自己如果是一个人化早就放弃了，但是因为自己每次准备放弃的时候就想到了木叶的伙伴们。所以自己又不得不爬起来战斗，而且不管敌人多么强大自己都要战胜他。这时鸣人说九尾没有自己的伙伴总是一个人所以是不能理解这个道理的。九尾突然想起了当年4代火影和他拼死战斗的时候也说过类似的话。这让九尾产生了一个奇怪的念头：他很想结交一下鸣人这个人。于是九尾停止了侵占鸣人的意识，他决定静静的观察事情发展。
纲手的决心
5代火影思考之后决定加入4国的联盟，联合消灭“晓组织”。纲手认为既然“晓”的目的是世界大同，那么木叶到最后肯定不能幸免。如果这样的话，只有在此时最后一战了。木叶和其他4国的忍者开始了歼灭“晓”组织的联合作战。失去了全身忍术的大蛇丸决定也要参加这次战斗。因为他认为：能够毁灭木叶的只有他，别人绝对不能夺取他这个权利！
大蛇八岐
“晓”组织得知了5国的围剿计划。心之助决定借这个机会实验已经获得的妖兽的力量。“晓”决定使用大蛇八岐，乌鸦天狗和龟王玄武3个妖兽的力量去对付围剿的兵力！双方开始混战，3大妖兽给联军巨大的伤害。只有被我爱罗控制的守鹤可以勉强抵挡乌鸦天狗。自来也的蛤蟆和心之助的猿猴也压制了纲手和大蛇丸的通灵兽，忍术竟失的大蛇丸根本无法招来万蛇。这时佐助决定以自己做灵媒召唤圣兽朱雀，结印前佐助向小樱保证自己绝对不会再失去自我了！在佐助坚强信念的感召下----圣兽朱雀觉醒！但是朱雀也仅仅和玄武打成了平手！而大蛇八岐这个妖兽却没有人可以阻止，除非鸣人体内的九尾才能于之一战。
复仇者的故事：
药师兜再次和卡卡西对上了，静音不顾纲手的阻止只身去杀心之助。这次药师表现的十分强大，卡卡西感觉到药师背后的也有不为人知的信念。卡卡西责问药师与木叶为敌的理由，药师告诉卡卡西：当年收养自己的养父和养父的女儿铃都是因为收养自己被村里人轻视。结果在九尾之乱时，铃为救别人而受伤，但却没有一个木叶的人肯救铃，而导致铃重伤而死！其养父也在以后的某次任务中被人抛弃而死！兜质问卡卡西：哪个时候他在那里？！
静音遇上了心之助，被心之助轻松打倒。心之助告诉静音当年静音的爸爸是为了救他而死的，因为静音的爸爸希望自己能继续完成这个“日出”计划。静音的爸爸是他们不折不扣的同志！心之助对没有继承其父志愿而倒向软弱木叶的静音很失望，决定杀了她！这时纲手出现了！纲手告诉静音和心之助：静音的爸爸一直当心之助是木叶的伙伴所以拼死也要救心之助！而不是为了什么继续“日出”计划，静音的爸爸想到的只是保护木叶的伙伴。纲手告诉静音：她父亲是为了保护木叶的伙伴才参加“日出”计划的！而现在心之助已经忘记了当初的心愿，堕落成了只为自己野心而战的人。纲手告诉心之助：木叶丸一直都以为自己的爸爸是木叶的英雄！绝对不是要毁灭世界的坏蛋。心之助认为纲手是在废话，决定杀死纲手和静音。
药师兜继续和卡卡西战斗。双方拼尽全力之后，药师兜还是输给了卡卡西。卡卡西说：自己之所以胜利是因为自己一直想着如何保护伙伴。如果只想着复仇是不可能获胜的。铃和兜的养父也是一直想着要保护同伴才会牺牲自己的。卡卡西说杀死象药师兜这样的人没有必要。然后离开了。
写轮眼的顶点：
朱雀和玄武苦战中。佐助也遇到了宇智波一族鸣案的罪魁祸首---宇智波炎金。炎金说佐助只有憎恨才能发挥写轮眼的最大力量。而自己也将引导佐助走上自己的道路，炎金还嘲笑了半途而废的伊太刀。佐助说：自己现在完全不恨炎金。因为仇恨强大不起来，只有保护自己的伙伴才会强大。而自己已经找到了要保护的人。双方写轮眼对决，佐助和炎金都进入了写轮眼世界“幻”。一开始佐助被炎金反复折磨，但是炎金怎么也打不到佐助。佐助告诉炎金每次自己要倒下的时候：总有一个吊车尾出来笑他，而他怎么也不能被吊车尾嘲笑。此外鼬，卡卡西也都在自己的身后支持自己。而且他无论如何也要保护那个额头很大的红发女孩。终于爆走的佐助打倒了炎金，炎金倒下前想起了和4代火影一起的日子，觉得自己错误的理解了先代宇智波的话。临死前炎金以自己的身体从新封印了玄武。炎金对春野樱说：请她好好照看佐助。佐助被救醒后说：鸣人还等着自己去救。这时卡卡西出现准备背着佐助去找鸣人。春野樱表示自己会带着佐助去的，这次佐助只要安心的跟着自己就可以了。
