故事简介：
U.C.0123年3月16日，殖民卫星FRONTIER SIDE遭到自称C.V（死亡先锋）的迷之MS部队袭击，造成FRONTIERⅣ的500多居民死亡、14万人避难。在避难的人群中有GUNDAMF 91开发者之一莫妮卡·阿诺博士的一对子女西布克、莉丝，以及罗纳家族的次女贝拉·罗纳，又名塞茜莉·费亚查尔德。罗纳家族是C.V的领导者，提倡贵族主义并欲统一殖民卫星、建立宇宙巴比伦空中花园。塞茜莉的母亲娜蒂娅不满于家族的束缚而和一名叫希奥·费亚查尔德的下人私奔，当她发现希奥卑劣的人格后又抛下自己的女儿不知所踪。当西布克等人来到码头，在其父雷兹利·阿诺的带领下登上小型穿梭机时，塞茜莉在其养父希奥的胁迫下，离开西布克和自己的哥哥多雷尔一起返回罗纳家。逃到FRONTIERⅠ的西布克一行，遇到了联邦军的练习船舰"宇宙方舟"。
3月19日至22日，C.V开始进攻FRONTIERⅡ、Ⅲ并将其压制。因为缺少人手，西布克他们被拉入联邦军帮忙，也因此发现其母亲开发的F91亦在此方舟内（采用了生物电脑的F91，事实上是专为NEW TYPE设计的）。莉丝还替机械师解答了母亲在F91生物电脑中留下的迷题，这使得每启动一次就会出故障的F91终于被完成了，又因"宇宙方舟"上只得比路基德一位驾驶员，故西布克被推上F91的驾驶舱，他的NEW TYPE能力也开始渐渐地觉醒了。另一方面，回到罗纳家的塞茜莉受到祖父迈兹亚的热烈欢迎，并想让她成为宇宙巴比伦空中花园的女王。被祖父一番剖白打动的塞茜莉剪去长发打算留在罗纳家，并开始学习驾驶MS，教她驾驶MS的萨比尼（C.V中最强的"黑之部队"队长）亦发现塞茜莉也是NEW TYPE。
3月26日，C.V的最高指挥官铁假面（塞茜莉的父亲，原名卡罗佐，因妻子和别人私奔而戴上面具遮丑，乃是强化人类）在FRONTIERⅣ发表宇宙巴比伦宣言。而西布克亦趁机潜入罗纳家的别墅，欲带走塞茜莉未果，反而连累了自己的父亲。回到"宇宙方舟"，和分别多时的母亲相遇，不免责怪其母抛下他和莉丝埋头于工作中。当西布克和他的母亲尽释前嫌时，塞茜莉的母亲娜蒂娅亦逼着希奥带她去见自己的女儿，并要塞茜莉离开罗纳家。不听母亲劝告的塞茜莉扬长而去，此时娜蒂娅发现站在她身后的希奥已被铁假面所杀，紧接着自己也被C.V的士兵抓了起来。
3月30日，不知情的塞茜莉与萨比尼一起奉命佯攻FRONTIERⅠ，而铁假面则带着他的舰队占领FRONTIERⅠ的能量供应装置替其秘密武器"巴库"提供能源。萨比尼的部下安娜玛丽因嫉妒其上司对塞茜莉的过分关怀而倒戈，投奔"宇宙方舟"，和西布克等人一同迎击C.V的"黑之部队"。当安娜玛丽的MS被萨比尼击中后，西布克亦与塞茜莉的MS交锋，所幸最后两人认出了对方，塞茜莉回到西布克的身边。"黑之部队"撤退后不久，铁假面的母舰上便放出大量"巴库"进入卫星中。"巴库"是一种专门用来杀人的兵器，它能感应人的波长而上天入地将卫星中的居民全部杀死！西布克、塞茜莉和比路基德三人奋力抵抗"巴库"，却没有多大效果，比路基德当场阵亡。西布克和塞茜莉设法将"巴库"吸引到狭窄的通道中令其相撞，然后又炸毁了生产"巴库"的船舰。回到母舰上的萨比尼，知晓铁假面瞒着他和总帅迈兹亚制造了"巴库"并企图以此将月球和地球的居民全部抹杀之事后，立刻将铁假面的副官处死，并令余下的C.V部队撤离FRONTIERⅠ。
觉察到塞茜莉背叛的铁假面恼羞成怒，驾驶着最新的MA"拉普雷西亚"追击塞茜莉和西布克。战斗初始，F91和塞茜莉驾驶的比基纳·基纳在拉普雷西亚的强大力量下毫无还手之力，比基纳·基纳被击毁，塞茜莉被铁假面抓出驾驶舱抛向茫茫的宇宙。愤怒的西布克发挥出F91真正的力量，使出有质量的残像"分身"将铁假面打倒。战斗结束后，及时逃出FRONTIERⅠ的宇宙方舟缓缓驶向F91，萨比尼见宇宙方舟上搭载着大量的难民，又目睹到西布克失魂落魄地四处寻找塞茜莉的样子，便放过他们带着自己的部下悄悄离去了。西布克在其母亲的指点下，运用NEW TYPE的感知能力，终于找到了飘荡在无尽空间中的塞茜莉，两人相拥在一起，其喜悦之情不言而喻。
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