第二十八話：殘命散命
在地球聯合和奧布的夾擊下，密涅瓦號陷入了前所未有的苦戰。奧布軍的村雨隊對密涅瓦號發動決死的攻擊，雷的MS被重創，阿斯蘭和真也被斯汀和奧爾死死纏住無法脫身，幸好自由高達及時趕到化解了危機。
同時趕到戰場的卡嘉莉命令奧布軍立即停戰撤軍，但戰鬥卻一直持續了下去。混戰中，斯汀和奧爾先後被吉良和發動了種能力的真擊破，奧爾戰死。
奧布軍不顧卡嘉莉的撤軍命令，繼續對密涅瓦號實施攻擊。露娜瑪麗亞的機體被大破，本人也不幸重傷。真換裝劍影系統，大破奧布艦隊。見此情景，吉良將一直阻礙著自己的阿斯蘭擊墜。
在下達了全員棄艦的命令之後，奧布軍的戶高上校獨自伴隨著旗艦建禦雷神消失在爆炸中。
第二十九話：FATES
收到拉克絲回到宇宙的消息之後，在獨自一人的杜朗達爾議長的面前，出現了克魯澤的幻影。“他們是在何時何地，因為什麼而相遇的？”議長陷入了對往事的追憶之中。
“如果人註定會相逢，如果一切都是註定的，那麼努力掙扎活下去的意義又是什麼？”克隆人克魯澤和身為遺傳學專家的杜朗達爾議長原本是舊識，在幻覺和回憶的交織之中，顯現出杜朗達爾的內心也有著無法釋然的東西。
“如果無法回頭，那麼從一開始就選擇正確的道路。”下定決心的杜朗達爾選擇了自己的道路。
第三十話：刹那夢
受戶高上校殉職前的囑託，奧布艦隊殘餘人員在天城上尉的帶領下來到大天使號上投奔卡嘉莉，並為吉良等人所接受。
損傷慘重的密涅瓦號開始了休整，在戰鬥中負傷的露娜瑪麗亞恢復了過來，然而阿斯蘭卻日漸消沉。斯特拉的身體狀況越發危險，真無意間聽到了隨艦軍醫和塔麗亞的對話，發現斯特拉將要被PLANT用於研究，不禁大驚失色。
夜晚，在雷的協助下，真駕駛脈動高達強行帶走了斯特拉，隨後雷向塔麗亞承擔了關於放走斯特拉一事的一切責任。
收到真發出的信號之後，尼奧隻身前來與真接觸。在尼奧承諾令斯特拉遠離戰爭和死亡之後，真將斯特拉交還給了尼奧。
第三十一話：明夜
返回密涅瓦號之後，真立即被塔麗亞艦長以違反軍規為由拘禁了起來，同時被處罰的還有協助真將斯特拉帶走的雷。在探望真的時候，阿斯蘭就對待斯特拉的不同態度與真發生了激烈的言語衝突。
尼奧帶著斯汀和斯特拉來到俄羅斯平原，與在那裏的聯合軍波拿巴號地上空母會合。通過加百列，尼奧接收了剛剛完成的毀壞高達；而斯特拉的身體也逐漸恢復過來，並成為毀壞高達的機師。
在斯堪地納維亞王國的暗中説明下，大天使號和奧布艦隊的殘餘人員回到北歐潛伏了起來。與此同時，ZAFT軍部也下達對違反軍規的真和雷的處理決定，出乎眾人的意料的是此次事件竟然被不予追究，真和雷隨後也被釋放。
毀壞高達很快被投入歐亞戰場，並發揮出輕易摧毀城鎮和抵抗隊伍的驚人的威力。
第三十二話：
在柏林，毀壞高達將城市化為了焦土，所有抵抗都被斯特拉輕鬆摧毀。看到毀壞高達輝煌戰果的加百列不禁大為得意。
就在此時，自由高達和大天使號趕到了柏林。雙方展開了混戰，但自由高達在毀滅高達驚人的攻擊力和防禦力面前幾乎毫無辦法，只能依靠機動性來與其周旋。
在ZAFT軍柏林駐留部隊幾乎全滅的情況下，收到杜朗達爾議長命令的密涅瓦號迅速來到了柏林。脈動高達也加入了攻擊毀滅高達的隊伍，真和斯特拉，在彼此毫不知情的情況下展開了對決。然而，他們的戰鬥卻被尼奧所阻止，真終於得知自己牽掛的斯特拉正坐在對面的駕駛艙中……
混戰中，吉良將尼奧駕駛的溫達姆擊墜；斯汀的混沌高達也被村雨隊擊毀。斯特拉感受到了真的呼喚，逐漸恢復了和真在一起的記憶；但由於受到尼奧被擊墜的影響，斯特拉的精神還是失控了。就在毀滅高達胸前的複列位相能量炮即將發射時，吉良將毀滅高達擊毀。
“真……喜歡……”
懷中少女的身體逐漸變冷，而真只能再一次地、發出絕望而無助的怒吼。
第三十三話：示世界
回憶著無法完成的誓言，痛苦萬分的真將斯特拉的遺體放入了寧靜的湖中。再抬起頭時，少年的眼中已滿是仇恨。
回到密涅瓦號之後，真就把所有的精力都投入到分析自由高達的作戰資料上，類比自己和自由高達的戰鬥。雖然對真的做法很不贊同，但此時的阿斯蘭對心存芥蒂的真已經絲毫沒有了約束力，而且真還得到了雷的支持……
瑪琉將因受傷而昏迷的尼奧帶到大天使號進行治療，從身體資料來看，尼奧與穆完全一致，這使眾人相信他就是原本以為已經在前次大戰中戰死的穆。但是，醒來的尼奧卻完全沒有了穆的記憶。
看到阿斯蘭有些低沉的樣子，露娜瑪麗亞勸慰了幾句，無意間的詞語卻對阿斯蘭有所觸動。
杜朗達爾議長向全世界發表講話，配以經過刻意處理的影像資料展示出聯合軍在歐亞西部的暴行，並揭露了藍色波斯菊背後的LOGOS才是製造戰爭悲劇的主謀，宣佈不將其消滅誓不甘休。
第三十四話：惡夢
在周密的策劃下，杜朗達爾議長的演講變成了對LOGOS的戰爭動員。由於LOGOS的成員和地球各大勢力均有密切的聯繫，連奧布也不例外，感覺到其中危機的吉良決定和大天使號一起回奧布去。
但是，為了清除大天使號這個“不確定因素”，ZAFT軍已經下達了消滅大天使號的“天使墜落”作戰命令，並命令由密涅瓦號實施支援。因此，大天使號甫一行動，立即遭到了威拉德隊的攻擊。由於吉良的堅持，大天使號僅有自由高達一架機體在外援護母艦；密涅瓦號加入戰鬥之後，大天使號的情形越發險惡。瑪琉拒絕了塔麗亞勸降的好意，大天使號繼續艱難地向入海處前行；但此時的自由高達卻遭到了脈動高達出乎意料的猛烈攻擊。
原來，由於在之前的模擬練習中得到了雷的提示，滿懷恨意的真已經完全熟悉了吉良的攻擊方式。在密涅瓦號入海的同時，雙方的戰鬥終於分出了勝負：脈動高達重創，自由高達大破……
第三十五話：混沌先
卡嘉莉駕駛強襲口紅將駕駛艙墜入海中受傷的吉良救了出來；同時，為了迷惑敵人，水下的大天使號將主引擎隔離爆破，繼續向奧布駛去。
戰勝自由高達歸來的真受到了整備維修人員的歡呼，在歡迎他的人群中還有露娜瑪麗亞和雷。然而，憤于吉良被殺的阿斯蘭狠狠地將拳頭打在得意洋洋的真的臉上。對峙的兩人被眾人拉開，雷再次隱晦地批評了阿斯蘭的立場和態度，阿斯蘭對杜朗達爾議長的動機和做法產生了深切的懷疑。
受杜朗達爾議長演說的鼓動，地球各地均發生了針對LOGOS的襲擊事件，除加百列以外的LOGOS成員傷亡殆盡，整個LOGOS組織遭到毀滅性的打擊。
杜朗達爾議長帶著米婭再次前往地球，與先期抵達直布羅陀基地的密涅瓦號匯合。阿斯蘭和真單獨受到議長的接見，和興奮的真不同，阿斯蘭的心裏已經充滿了對議長的疑竇。在見面時，杜朗達爾向兩人展示了即將配給他們的新機體——命運高達和傳奇高達。
第三十六話：脫走
阿斯蘭當面向杜朗達爾議長質疑了對大天使號的做法，議長卻表示倘若吉良的強大力量不能為ZAFT所用的話，那麼就必須被消滅。
杜朗達爾發表演講之後，陸續有大量的聯合軍投向了PLANT一方；但是，由加百列掌控的聯合軍最高司令部以天堂基地為據點，依然擁有著很強的實力。
米婭無意中偷聽到了杜朗達爾和雷的談話，發現議長其實一直在監視著阿斯蘭，於是匆忙趕到阿斯蘭的住處，勸阿斯蘭順從議長的意願。經歷了許多事之後，阿斯蘭終於看清了議長的真面目，但就在此時，保安部的人已經來敲門了……
阿斯蘭想帶著米婭一起離開，但已經習慣了“拉克絲”身份的米婭卻拒絕了他。四處躲藏的阿斯蘭逃到了瑪琳的房間，在瑪琳的協助下有驚無險地躲過了搜查。兩人乘上格納庫中的一架老虎，開始了逃亡的旅程。
