ZGMF-X999A是作为ZAFT军现行主力MS——ZGMF-1000 扎古勇士的先驱而开发的量产试作型机体，其最大特征是搭载了因中子干扰消除器而使动作得以保证的核引擎。由于X09A、10A、11A、13A等高达系机体的出色战绩，ZAFT决定将核引擎作为次世代MS的标准搭载配置，并着手进行本机的开发工作。本机与1000扎古主要的不同点是：搭载了以核引擎供给丰富电力为前提的PS装甲及高初速大口径电磁炮。搭载于背部的该电磁炮，发炮时炮身在机体腰部振动。而1000扎古废除了这个电磁炮，并在空出来的腰部装甲的位置上装备了手榴弹用托架。另外，还在背部搭载了两把DFX25高周波刃斧以代替MAM8型光束斧。本机与1000扎古的基本构造几乎完全相同，标明了它是以量产配备为前提而制造的机体；但是，与旧世代的主力机ZGMF-1017 金的构造酷似的头部形状，表示出本机的设计思想仍处于技术上的过渡期。此外，1000扎古最终还是换装了通常的动力装置，也废除了PS装甲。
由于尤尼乌斯条约规定禁止开发及配备搭载核引擎的MS，X999A的开发不得已终止了。此时已制造完成了47架机体，这些机体在细微处稍有不同。在官方记录上，由于条约的生效，X999A全部被解体并废弃了，但记录的可靠性非常值得怀疑。实际上，有许多目击者证言亲眼看到了很多未解体的机体存在。
X999A由ZAFT军统合了原先独立的许多设计局后组成的机动开发组开发，其核心为旧凡尔纳设计局的成员。由于旧凡尔纳设计局的高技术水准，核引擎的开发运用水平极高；另外，关于X999A的开发，还应该铭记住那些极优秀的测试机师的贡献。尤其是旧凡尔纳设计局的机师科特尼·夏罗尼姆斯，他以民间人的立场活跃于PLANT的各方面而广为人知。然而奇怪的是，关于夏罗尼姆斯的经历除了他出身于旧凡尔纳设计局外，几乎所有的记录都被抹消了，可谓是由幻之机体诞生出来的幻之机师。
核引擎+PS转移装甲，真找不出比他更牛的ZAKU了.............
