4个前提：
妈妈琴科的证词无误（剧透）
流星核坠落发生在两年前（设定）
苏芳被紫苑复活过（特殊体质、心灵感应）
爸爸琴科在户籍上隐藏了紫苑（FSB证词）
推论：
8年前苏芳死亡，两亲离异，博士消除苏芳户籍记录，2年前紫苑变契约者，复活苏芳，博士隐藏紫苑，户籍上改紫苑为苏芳，并修改苏芳的记忆。苏芳的特殊之处在于她和流星核的联系
关于身份互换，目前的疑似flag有：
苏芳的男子气
紫苑的女装
妈妈琴科的误认
木内在backstage pass里有一次将花泽称为“紫苑”
官网第6话剧透曾将“苏芳”误作“紫苑”
但这些都可以作其它解释，所以互换的可能性仍不超过一半
若加入“互换”的因素，则推论为：
8年前死的是sion（女，即现在的苏芳），活下来的是suo（男，现紫苑）。妈妈琴科误以为死的是suo。两亲离异，博士消除sion的户籍记录，2年前suo变契约者，复活sion，博士修改户籍上suo的性别为女，于是sion成了苏芳，suo被作为紫苑隐藏起来。博士对两人的记忆进行了部分对调，以致影响到人格。苏芳的特殊之处除了流星核以外，还在于她才是sion（izanagi）
相对来讲后一种猜测更复杂，可能涉及的矛盾也更多
