来自一个神社的少女日暮戈薇，是最普通的初三学生。15岁生日那天由家中的井时间旅行到了500年前的战国时代，在那里和被封印的半妖——犬夜叉相遇了。犬夜叉，据他说是为了得到能够实现一切野心的妖力而想要得到四魂之玉成为完全的妖怪。但是，什么都不知道的戈薇，解开了犬夜叉的封印。接着，戈薇射出的箭命中了四魂之玉，四魂之玉变成碎片飞散了。
即使只是碎片也拥有很强的妖力的四魂之玉，不可以落到邪恶的妖怪们手中。最初戈薇受不了粗暴任性的犬夜叉，但是在了解犬夜叉从不将弱者置之不顾的性格后，慢慢对犬夜叉产生了好感。不久，小狐妖七宝、不良法师弥勒、妖怪退治师珊瑚和其同伴云母也加入了，犬夜叉他们为了四魂之玉碎片和成群的妖怪们战斗的旅程开始了。
发出异常妖力的“不归之森”。桔梗感觉到了，什么不吉的事就要发生的预感。元寇时候从大陆东渡到日本的妖怪军团，被当时支配关西的犬夜叉的父亲给击退了，封印于这座森林。但是，背负着一族的怨念，那个首领之子玛瑙丸终于复活了。开始，使用着两位美少女妖怪琉璃和玻璃，犬夜叉他们来到了附近。琉璃仿照了弥勒的风穴，玻璃支配了云母的心。但是，玛瑙丸的目标并不是四魂之玉的碎片，而是犬夜叉的父亲的遗物——妖刀铁碎牙。为了用那个力量进化成更强大的妖怪。
经过200年漫长的岁月要向犬夜叉复仇的玛瑙丸。那个能量变成了强大的力量，其强力的攻击使犬夜叉负了濒死的重伤。被夺走风穴的弥勒、被云母袭击的珊瑚，被强力的羁绊结合在一起的同伴们中产生了动摇。被追击得走投无路，对着中了玛瑙丸的妖术想要杀掉犬夜叉的戈薇，桔梗冷酷的告戒：“回到你的时代去”……“别再见犬夜叉了”
战国和现代——
被离间的犬夜叉和戈薇。
走投无路的危机中，会发生奇迹吗？
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