九月三十日——大部分设施已经瘫痪的学院都市。
“求求你救救那个人……！”
最后之作抓住上条当麻的衣服。
大雨一直下着，雨中的人们为了各自的目的奔走着。
上条当麻、茵蒂克丝、一方通行、“神之右席”前方之风——
当魔法与科学交会之际，各自最深处的黑暗就此浮现！
十月。
突然之间，世界各地的罗马正教徒掀起了反科学示威运动。而这场反对运动毫无疑问地把学园都市推上了“科学面”的风口浪尖。
正当世界处于混乱之中时，上条与土御门得知这次事件的元凶是一个被称为“C文书”的灵装，便决定一同前往持有“C文书”的观光都市阿维尼翁。在阿维尼翁当地，上条再会了天草式十字凄教徒五和，找到了“C文书”的所在地……但就在这时，“神之右席”的左方之地却出现在了他们的面前。
科学与魔法交织之时，上条当麻的故事开始了——
因为阿维尼翁的侵略作战，治安部队离开了学园都市。当学园都市变成了无法制的地带之后，黑暗中的组织开始蠢蠢欲动。
——只为自己而活的人。
——热爱黑暗，享受杀戮的人。
——想要毁灭他人希望的人。
——为了重要的人而奋起的人。
——勇于向上层挑战的人。
——处置反乱份子的人。
——以暴制暴的人。
在科学支配一切的城市，最终能够活下去的是……
当“Group”的超能力者·一方通行与谜之组织“School”邂逅之时，故事开始了——！
