8/16放送（予定） PHASE-45 「 開く扉 」
クルーゼを追ってキラとフラガは、ある建物の中へとやってくる。
そこで2人はクルーゼから衝撃的な事実を知らされる。
なんとキラの今の両親は本当の親ではなく、彼は遺伝子研究所の
飛鷹博士が開発した人工子宮から生まれたのだった。
さらにクルーゼは自らの出生の秘密と、フラガとの因縁の関係についても話し始める。
一方、ザフト軍を離反したディアッカと対面したイザークは、
なぜ自分達に敵対するのかと彼に問う。
それに対してディアッカが出した答えとは？
追赶克鲁泽中的吉拉和穆到了一个建筑物的中心。
在那里，两人从克鲁泽那里知道令人振惊的事实。
关于吉拉他并非现在的父母亲生的，他是遗传子研究所的飞鹰博士开发的人工子宫所生下来的。
此外，克鲁泽终于说出自己的出生秘密和他与穆之间的关系。
另外，背叛ZAFT军的迪亚克对上了伊扎克。
伊扎克问迪亚克为什么我们会成了敌人。迪亚克会如何回答呢？
8/30放送（予定） PHASE-46 「 たましいの場所 」
アークエンジェルと地球連合艦隊の戦闘が再開。
そこへクルーゼから両艦に対し、ザフト軍で拘束中の捕虜を返還するという通信が入る。
一方的な通告ののちポッドが戦闘空域に射出され、戸惑いを隠せない両艦。
そのころ、わけもわからないままポッドに入れられ宇宙に放り出されたフレイは、
計器操作してアークエンジェルに助けを求めようとする
ArchAngel和地球联合舰队的战斗再次爆发。
在战场中，克鲁泽对两方的舰队放话说要把被ZAFT所俘虏的人质归还。
另一方面，克鲁泽把一个太空舱向战斗的领域发射出去，使到两方的舰队无不感到疑惑。
在太空舱里，什么也不知道无缘无故的被放入太空舱，然后流放到宇宙的芙蕾，操作着机器向ArchAngel求助。
9/6放送（予定） PHASE-47 「 悪夢は再び 」
フレイを助けようとするキラ。だがあと一歩のところでポッドを地球連合軍に回収されてしまう。
そしてクルーゼがフレイに持たせたNジャマーキャンセラーのデータも、
新型ガンダム3機の指揮を執るアズラエルの手に渡ってしまう。
彼はそのデータを使ってNジャマーキャンセラーを作ると、
ザフト軍のボアス基地に向かって核ミサイルを放つのだった。
本来要救芙蕾的吉拉，慢了一步，太空舱被地球联合军抢先回收。
然后，克鲁泽利用芙蕾把N Jammer Canceller的资料，3架新型Gundam的指挥方式交到蓝色波斯菊盟主的手中。
他用那些资料制作了N Jammer Canceller，然后向ZAFT的ボアス基地发射核弹。
9/13放送（予定） PHASE-48 「 サブタイトル未定 」
「怒りの日」Ｎジャマーキャンセラーのデータを奪い取ったアズラエルはついに本性を現す。
アズラエルはクルーゼに連絡を取り自分にはＭＳが操れないのでクルーゼに
Ｎジャマキャンセラー搭載＋地球連合Ｘナンバー８機とフリーダム・ジャスティスのデータを積み込んだ
最強機体を渡す・・・・ところがクルーゼはアズラエルを殺してしまう。
クルーゼは人類虐殺計画を実行する。そう扉は開いたと呟きながら・・・
イザークはフレイの事が気になりポットに付いて行っていた。
しかし連合が確保しクルーゼの企みで自分も殺されると思いザフトを裏切る。
そして話は「決戦の日」に移る・・・
夺取了N Jammer Canceller的资料的蓝色波斯菊盟主终于显露出本性。
蓝色波斯菊盟主联络了克鲁泽。由于他不会操作MS，所以将搭载了N Jammer Canceller加上地球联合X Number 8机
和Freedom, Justice的资料，最强的机体交给了克鲁泽。
克鲁泽将杀了蓝色波斯菊盟主。克鲁泽的人类屠杀计划开始。
伊扎克很在意芙蕾的事而跟着芙蕾的太空舱。
但是联合认为克鲁泽所保证的企图会将自己也给杀了和背叛ZAFT。
接下来那集便转向决战的日子。
