这个比别的剧场版长一些，大概有2小时
首先剧场开头是很可怕的，晚上柯南在侦探事务所2楼里取东西的时候，门外有动静，柯南去查看，结果回来的时候ジン和ウォッカ却突然出现在屋子里，ジン堵住了柯南的嘴巴，并说了一句【好久不见啊，江户川柯南，不。。。。是工藤新一】，之后掐住柯南的嘴把他举了起来，小兰下楼来寻找柯南，这时候ジン使了个眼色对ウォッカ，然后说【看看和你有关的人都是怎么玩完的吧】，门口的玻璃出现了小兰的身影，柯南被堵住嘴巴说不出话，ウォッカ举起了枪，门开了，但是没有枪声，原来只是个梦，到最后随着柯南一句【兰】这样的大喊结束了开头
少年侦探团一行在米花之森里捕捉甲虫，柯南在这里获得了博士新开发的背带，竟然可以吊起元太，（这东西在剧末有大用处）其中发现有一只雌性甲虫背上帖了带有OPEN的交叉纸条封印，这是之后的关键情报之一，之后对“标签甲虫”的悬疑再次以博士的冷笑话把这个猜测谜题结束，而那个冷笑话是关于中国传说牛郎和织女的哦
案件是一个以麻将牌为提示的连续杀人事件
其次是警视厅的内奸，具体的发现是因为那个群马县的冒失警察（本剧场版里已经晋升为警部）在开会后哼哼起了【七只乌鸦】的旋律，被柯南听到后追踪，结果发现了某个警察进了那辆黑色的保时捷，佐藤警官向周围人提起了毛利侦探办案时候柯南给的许多提示和不可思议的故事，被某内奸听到（这个内奸大家绝对想不到多厉害，稍后揭示）
会议中的时候，毛利的冒失推理让暮目警官赞叹要是工藤新一在就好了，横沟警官说工藤好久不出现了，这时候高木竟然冒失的说出在黑衣骑士的时候工藤出现的故事，被某内奸听到
一个黑影在屋子里用了电脑，因为他是内奸，所以很容易就入侵了警视厅的电脑，屏幕显示了许多江户川柯南的档案
本剧场版首次把TV内容和剧场连接起来，其中包括黑暗骑士章，灰原与组织重逢章，镜头转向柯南和同学在帝丹小学的手工课泥塑，光彦捏的是甲虫，步美是月兔，而原太是鳗鱼- -|||，柯南是海豚
深夜，一个黑影分别侵入了帝丹高中以及帝丹小学，这就是那个内奸，因为他了解了柯南的资料和一些故事后产生怀疑，拿走了海豚泥塑上的鳍和黑衣骑士的衣服，对比了海豚鳍上的柯南的指纹以及黑衣骑士演剧的套装上工藤新一的指纹，结果发现98%一致！此事镜头转向小兰打碎了柯南的饭碗，似乎暗示了什么厄运
此后嫌疑人锁定无关人物，抓捕过程中又是那个群马警部提早亮出了警官证导致抓捕一度失败，嫌疑人的女友紧张下以刀威胁警察要放了他男友，并用刀刺向琦玉县警部（首次登场的警察之一，有几分妃英理的气质），这时候目暮警官挡下了那一刀，也就是预告片了的那段，并非是被黑暗组织的人刺杀，嫌疑犯本人则劫持人质，而那人质不是别人，正是苦艾酒装扮的人，之后柯南偷偷跟到了地下停车场结露她的身份，理由是追踪眼睛看到她左裤筒里有手枪形状的痕迹，至于苦艾酒为什么故意被劫持，我就留个谜底吧，苦艾酒给了柯南的提示是组织的另外一个人，爱丽舍，即那个警视厅内奸。。。爱丽舍是新人，是我自己根据日语发音翻译的
镜头转向关西的京都和大阪，柯南给服部电话，要他调查那个京都宾馆火灾事件，可是和叶在旁边吓了服部一跳，于是在窗边接电话的服部险些从3楼掉下去摔死
预告片中虽然黑暗组织的狙击手瞄准了佐藤和高木的头，但是打的却是汽车轮胎，他们还没那么傻直接和警视厅对着干，只是给了个警告
之后佐藤开始怀疑警视厅内有内奸，因为他们的行动路线被掌握
真正的嫌疑人是一个十分娘娘腔的男人，姓水谷，女友叫奈奈，死于一起宾馆火灾事件，至于事件和复仇理由我也留作谜底，本来是7张麻将牌，但是听到有人说真正的嫌疑人水谷说到8个人不能原谅时候明白了
毛利小五郎虽然开始推理错误，但是后期在群马山野观看北斗七星时得到启发，成功推理了一些脉络
警视厅一行向东京塔奔袭
而博士那边接连发现身上贴有交叉封印的甲虫，少年侦探队的小朋友们认为这是求救，于是到了第一次目击甲虫的地点，这时候回忆预告片，那时候少年侦探队3个真正的小学生似乎被袭击了惊讶的惨叫，但是事实上那是博士不放心他们被灰原劝说来到了树林的突然出现吓到了步美等人，在那里发现一个小屋，但是亮着灯，里面闪过拿手枪的人的身影，于是博士给高木和佐藤电话，高木佐藤临时改道去了米花之森，森林入口闪过一辆摩托车，不是别人的，正是苦艾酒的车子，而那个屋子里闪过的拿枪的影子。。。
警视厅长松本和众人到达东京塔
柯南则通过调查知道娘娘腔的水谷和奈奈的兴趣是看星星，单枪匹马到了东京塔，水谷似乎正准备结束自己，柯南又一次像忘记了黑暗组织一样开始耍酷做推理
最惊险的时刻，突然发现一个黑影闪过，白鸟，千叶等景观竟然全被打昏！！！！！
推理结束的时候，奈奈的哥哥抓狂，拿出刀子刺向柯南，柯南准备反击，手枪突然响了，警视厅厅长松本出现，还说真及时啊
但是。。。。。。为什么那些打昏的刑警里没有警视厅长呢。。。因为现实是可怕的，于此同时米花森的小屋里那个人真的发现了一个被绑架的人，那人不是别人，正是松本厅长本人！而东京塔的松本厅长却是黑衣组织的人伪装的，那个伪装者，就是爱丽舍！！！柯南早就知道这个松本是伪装的，于是举麻醉枪射击，不了射偏。。。
小兰为什么会出现在东京塔呢，因为园子在看电视直播东京塔的时候电视里独自奔袭的柯南被电视台镜头捕捉，园子打电话给兰说发现了柯南的位置，正担心柯南的兰知道了之后立刻去了东京塔
奈奈的哥哥举刀刺向假松本，但是此人功夫了得，反而一个勾拳打得对方吐血
柯南又开始耍酷推理，说出了爱丽舍的伪装和黑组织的一些事情，不料后来爱丽舍一句话让他当时就闭嘴了。。。爱丽舍揭露了柯南就是工藤新一！但是他没有告诉过琴酒和伏特加，至于为什么，就是因为联系到灰原遭遇黑暗组织的那集里，当时琴酒杀了任务失败的皮思可，而那个皮思可是爱丽舍尊敬如父亲的人啊。。。所以爱丽舍缄默了，即便早知道了柯南的正体也不说给琴酒那些货色！
之后开始虐柯南，比毛利扔柯南更可怕，一顿暴打。。。拳拳将柯南打飞，最后一下踢飞到墙角
之后经过一段时间，兰来到柯南那里，但是她不知道这个松本是假的，先去关照了柯南，看到了预告里柯南的话，兰，快逃跑。。。兰回头却发现假松本用手枪指向了她，于是事情回到了TV第一集新一告诉兰子弹的原理，伪装的松本开枪的时候兰竟然成功躲避了枪击，但是飘逸的长发被打碎不少
这个假松本（爱丽舍，非常强壮，而且竟然是兰级别更以上的空手道高手）兰的几次踢头攻击全然无效，而最后一次踢头把爱丽舍的假脸踢烂了一半，漏出半张真脸（可以参照NARUTO里的大蛇丸），于是兰被吓了一跳，惊讶和恐惧之余，反而被爱丽舍一拳打飞，正要结束兰的爱丽舍，突然听到了新一的声音，惊讶之余（因为他知道柯南就是新一）但是不知道变声器，于是放弃了兰去追击柯南，柯南将手表灯埋在门后，爱丽舍看到手表的灯亮后以为柯南在屋子里就开枪。。。结果却不是。。。
这时候柯南突然出现，一个足球踢出去，不想爱丽舍极为强壮，再次无效，而且爱丽舍枪法极准，对着柯南能发出充气皮球的腰带和强力踢鞋就是几枪，于是柯南的宝贝道具除了开头的新背带，变声蝴蝶结和眼镜，还外寄存在东京塔服务员那的滑板以外，装备全部报销
经过追击，到了塔顶，柯南在楼梯后埋伏一个漂亮的飞踢成功让强壮的爱丽舍头撞台阶眩晕，柯南夺枪，但是黑色直升机突然出现。。。。柯南一犹豫，爱丽舍反击，掐住柯南的脖子按在地上。。。在此我不解释的那个秘密。。。因为那个秘密，爱丽舍被琴酒下令香缇用狙击枪残忍杀害了。。。。琴酒。。。。真是太残忍了，对待同伴毫不留情啊。。。之后快死的爱丽舍知道自己被组织背叛反而告诉柯南，你要继续追击下去啊，将黑暗组织揭露！
柯南被直升机的机枪追到塔顶，机制的他利用了他的背带伸长反弹能力，自己用背带跳到了东京塔中部，背带强力伸缩反弹将一个东西弹起，正好击中了黑色直升机，直升机坠毁。。。而琴酒等人生死如何？剧末有透露，但是我不说了。。。看着坠落爆炸的直升机，苦艾酒冷笑着说【做的不错嘛，真不愧是我的银色子弹】
到此结束了。。。。
仓木麻衣歌曲之后，预告柯南决定制作14目剧场版，背景是拨浪滔天的大海上一个快坠落的飞艇。。。
