高清DV拍摄的MTS压缩后视频时间翻倍，如何解决？

我用的是mediacoder 2011 B5138
视频信息是：
   General #0
      ID : 0
      Format : BDAV
      Format/Info : Blu-ray Video
      File size : 155 MiB
      Duration : 1mn 45s
      Overall bit rate : 12.3 Mbps
      Maximum Overall bit rate : 18.0 Mbps
   Video #4113
      ID : 4113 (0x1011)
      Menu ID : 1 (0x1)
      Format : AVC
      Format/Info : Advanced Video Codec
      Format profile : High@L4.0
      Format settings, CABAC : Yes
      Format settings, ReFrames : 2 frames
      Duration : 1mn 44s
      Bit rate : 11.3 Mbps
      Width : 1 440 pixels
      Height : 1 080 pixels
      Display aspect ratio : 16:9
      Frame rate : 25.000 fps
      Resolution : 8 bits
      Colorimetry : 4:2:0
      Scan type : Interlaced
      Scan order : Top Field First
      Bits/(Pixel*Frame) : 0.292
      Stream size : 142 MiB (92%)
   Audio #4352
      ID : 4352 (0x1100)
      Menu ID : 1 (0x1)
      Format : AC-3
      Format/Info : Audio Coding 3
      Duration : 1mn 45s
      Bit rate mode : Constant
      Bit rate : 448 Kbps
      Channel(s) : 6 channels
      Channel positions : Front: L C R, Surround: L R, LFE
      Sampling rate : 48.0 KHz
      Video delay : -824ms
      Stream size : 5.65 MiB (4%)
   Text #4608
      ID : 4608 (0x1200)
      Menu ID : 1 (0x1)
      Format : PGS
      Duration : 1mn 44s
      Video delay : -80ms
压缩设置是：X264编码，2PASS，3ref，4B frames，分辨率缩到960X720，音频mp3，MP4封装。但压好之后时间就多了一倍，变慢动作了
   General
      Format : MPEG-4
      Format profile : Base Media
      Codec ID : isom
      File size : 92.8 MiB
      Duration : 3mn 8s
      Overall bit rate : 4 133 Kbps
      Encoded date : UTC 2011-05-09 02:22:29
      Tagged date : UTC 2011-05-09 02:22:29
   Video #1
      ID : 1
      Format : AVC
      Format/Info : Advanced Video Codec
      Format profile : High@L4.0
      Format settings, CABAC : Yes
      Format settings, ReFrames : 3 frames
      Codec ID : avc1
      Codec ID/Info : Advanced Video Coding
      Duration : 3mn 8s
      Bit rate mode : Variable
      Bit rate : 4 000 Kbps
      Maximum bit rate : 6 601 Kbps
      Width : 960 pixels
      Height : 720 pixels
      Display aspect ratio : 16:9
      Frame rate mode : Constant
      Frame rate : 25.000 fps
      Resolution : 8 bits
      Colorimetry : 4:2:0
      Scan type : Progressive
      Bits/(Pixel*Frame) : 0.231
      Stream size : 89.5 MiB (97%)
      Title : Imported with GPAC 0.4.6-DEV (internal rev. 5)
      Writing library : x264 core 115 r1947 b5a8ad7
      Encoding settings : cabac=1 / ref=4 / deblock=1:0:0 / analyse=0x3:0x113 / me=hex / subme=7 / psy=1 / psy_rd=1.00:0.00 / mixed_ref=1 / me_range=16 / chroma_me=1 / trellis=1 / 8x8dct=1 / cqm=0 / deadzone=21,11 / fast_pskip=1 / chroma_qp_offset=-2 / threads=9 / sliced_threads=0 / nr=0 / decimate=1 / interlaced=0 / bluray_compat=0 / constrained_intra=0 / bframes=3 / b_pyramid=1 / b_adapt=1 / b_bias=0 / direct=1 / weightb=1 / open_gop=0 / weightp=2 / keyint=250 / keyint_min=25 / scenecut=40 / intra_refresh=0 / rc_lookahead=40 / rc=2pass / mbtree=1 / bitrate=4000 / ratetol=1.0 / qcomp=0.60 / qpmin=0 / qpmax=69 / qpstep=4 / cplxblur=20.0 / qblur=0.5 / ip_ratio=1.40 / aq=1:1.00
      Encoded date : UTC 2011-05-09 02:22:29
      Tagged date : UTC 2011-05-09 02:22:31
   Audio #2
      ID : 2
      Format : MPEG Audio
      Format version : Version 1
      Format profile : Layer 3
      Format_Settings_Mode : Joint stereo / MS Stereo
      Codec ID : 6B
      Duration : 1mn 45s
      Bit rate mode : Constant
      Bit rate : 256 Kbps
      Maximum bit rate : 264 Kbps
      Channel(s) : 2 channels
      Sampling rate : 48.0 KHz
      Resolution : 16 bits
      Stream size : 3.22 MiB (3%)
      Title : Imported with GPAC 0.4.6-DEV (internal rev. 5)
      Writing library : LAME3.98r
      Encoding settings : -m j -V 4 -q 2 -lowpass 19.7
      Encoded date : UTC 2011-05-09 02:22:31
      Tagged date : UTC 2011-05-09 02:22:31
求高手帮忙。方法最好简单一点，因为有16个文件，16G要压缩。谢谢

mediacoder的视频参数是
# ".\codecs\x264.exe"  --no-progress --profile high --preset medium --weightp 2 --b-pyramid strict --level 40 --keyint 250 --min-keyint 25 --non-deterministic --bframes 3 --ref 2 --psy-rd 1:0 --bitrate $(VideoBitrate) --qcomp 0.6 --threads 9 -o "$(DestFile)" "$(SourceFile)"
音频参数是
.\codecs\lame.exe --cbr -b $(AudioBitrate) -q 2 --noreplaygain --add-id3v2 --resample $(SampleRate) "$(SourceFile)" "$(DestFileAudio)"
avisynth是
DirectShowSource("F:\badminton\hgbdv\BDMV\STREAM\00001.m2ts",fps=25,convertfps=true)
Load_Stdcall_plugin("yadif.dll")
Yadif(0,-1)
ChangeFPS(25,1,true)
BilinearResize(960,720)
但我不确定我用的解码源。
这个MTS应该是SONY的DV拍摄的，用megui看原始的帧图的是时候可以看出隔行扫描特有的条纹。
这些视频有16G，我想压缩一下。但现在问题是用mediacoder会出现时间翻倍，megui压缩的时间正常，但画面有卡顿。
现在我有一个歪打正着的办法，但很麻烦。先把mts改名M2ts，在用tsmuxer解开m2ts，变成一个264文件和一个ac3文件。再用tsmuxer把两个文件打包成m2ts。这样放到megui里面做反交错检测时就不会报错，检测结果是M-in-5 decimation required,M值为1，Deinterlace为Tritical Decimate。resize为1280X720后效果还可以。这种情况下AVS的内容是
DirectShowSource("F:\badminton\hgbdv\3、4名决赛2.track4113.m2ts", fps=25.000, audio=false, convertfps=true).AssumeFPS(25,1)
LoadPlugin("E:\tools\MeGUI\tools\avisynth_plugin\TIVTC.dll")
TDecimate(cycleR=1)
#crop
LanczosResize(1280,720) # Lanczos (Sharp)
#denoise

mediacoder里面的视频选项卡里面的来源我选的是自动，所以我也不清楚是MEncoder还是其他啥。

tdecimate是megui自动分析的，这个有啥用我自己都不清楚。但我发现这样的话视频就变20帧，球就有拖影了。其实完美解码能够很好的播放画面，也没有隔行扫描的横条纹,高级滤镜信息如下
[主滤镜图表]
0) - 3、4名决赛2.track4113.m2ts
1) - MPC - Mpeg Splitter (Gabest)
2) - CoreAVC Video Decoder
3) - MPC - MPA Decoder Filter
4) - OverlayMixer
5) - Video Renderer
6) - Default DirectSound Device
[视频信息]
解码器 -(MPEG2) CoreAVC Video Decoder
格式 -Major Type: Video - Sub Type: YUY2
VideoInfo2: YUY2 1536X-1080, 16 bits

我是不是可以通过avs将解码完的数据读出来作为数据源进行压制？

我自己摸出了一种算是比较完美的方法。因为文件都能播放，就用graphedit做mts的视频grf文件，用avs调用。如果播放器播放avs的时候不卡，可以拖动，就没问题。把AVS放到megui里面压视频就好了。
如果调grf的avs播放有问题。就用tsmuxer解包，分离成.264视频和.ac3音频，再打包成m2ts。看了下日志，好像过程中修复了视频部分的一些帧错误。这样产生的m2ts就不会出错了。

再看了下，出错的文件，graphedit用的是nero splitter分离器。重新打包后和不出错用的是mpeg splitter（Gabest）。解码器用的是core avc。这样的话反交错应该是coreavc自动帮我处理了？

但coreavc的设置里面是有deinterlace的啊?我选了single field后，画面就看不出拉丝了。
所以后面也没有调用yadif之类的。
AVS就这样简单的写，丢到megui里面压了
DirectShowSource("F:\badminton\hgbdv\第二场混双.GRF", fps=25.000, audio=false)
#crop
LanczosResize(1280,720) # Lanczos (Sharp)
#denoise