剧情简介：
0084年，吉恩残党迪拉兹之乱终告完结，然而，联邦政府的统治仍呈现极不稳定的局面，尤其当联邦议会发布维持地球圈现状的政策决议后，反对派呼声日益高涨。虽然在加米托夫准将领导的提坦斯之铁腕下，地球圈尚未发生大规模冲突，但空气中的紧张气息已接近临界点。
同年，一年战争时代的风云人物"赤色彗星"夏亚，在阿克西斯经长期沉寂后又回到了地球圈。但几乎没有人知道这件事，因为他已化名柯特罗·巴吉纳，并通过非法途径巧妙地取得了联邦军的军籍，官拜大尉之职，在联邦军中投入反对提坦斯的暴力手段，希望为宇宙移民争取人权的布列克斯·弗拉准将的部下。
时间到了0085年，提坦斯以暴制暴的作法为加米托夫准将在联邦军内争取到很高地位。然而，加米托夫并没有因此收手，反而变本加厉，进一步纵容提坦斯对所有心怀不满的人进行更为强硬--或称为残暴的镇压。终于，在7月31日，发生了30号卫星事件。
事缘于SIDE2发生的民众集体抗议暴政活动，提坦斯指挥官巴斯克·奥姆大佐对此毫不犹豫地采取了极不人道的恐怖措施：向抗议活动最集中的30号殖民卫星注入剧毒的G3瓦斯。结果造成了数以百万计的民众全部死亡，在提坦斯的无数暴行中写下了最黑暗的一章。
消息传出，震惊地球圈内外，布列克斯准将终于下定决心，召集同志，组成反地球联邦政府（简称A.E.U.G），根据其缩写的连读，定名奥古。
在日益激化的冲突中，旧吉恩势力亦再次崛起。经数年建设已具充分规模的小行星基地阿克西斯，在少女指挥者哈曼·卡恩的命令下，于0086年2月开始向地球圈进发。
卡缪·比丹是一位普通的少年，除了双亲在军队任技术士官之外，与战争和MS并没有什么直接的关系，他也并不了解提坦斯丑恶的行径。然而0087年3月2日，在联邦军基地进行参观时发生的事情，改变了他的人生轨道。
正兴致勃勃的卡缪，与提坦斯青年军官捷利特·麦沙相遇，捷利特出言不逊："卡--缪？完全是娘们的名字嘛！什么？是男的？"令卡缪大为恼火，冲上去与捷利特拳脚相向，但却不是对手，被打倒在地，因此，卡缪对捷利特的愤怒使他对提坦斯也产生憎恶。正在这时，奥古向提坦斯基地发动了旨在夺取提坦斯的新型MS-RX-178高达MKII的特攻作战，正怒火燃烧的卡缪便索性帮助奥古，将MKII开走。
卡缪来到奥古的基地，在这里结识了柯特罗大尉（夏亚）与原提坦斯成员，因反感提坦斯的残暴而加入奥古的女性机师艾玛等同伴，并一面接受训练一面与袭来的提坦斯机师拉娜、捷利特、卡克利康等强敌交战，而且以优异的战斗成绩显示出他惊人的MS机师天赋。然而，卡缪的双亲，却在战场上被提坦斯作为人质，并遭捷利特射杀，虽然捷利特并非故意，但仇恨已无法化解。捷利特方面，也因战友、知己在战斗中一个个被卡缪杀死，加上自己亦屡遭败绩而对卡缪恨之入骨。
经宇宙的几场拼杀及奥古对地球联邦军在亚马逊的加布罗基地攻略战还有香港城等战役后，卡缪一天比一天显示出他的强大。同时，他也发现NEW TYPE之间有心灵相通的能力，与一年战争时期的前辈阿姆罗、布莱德的相遇，与木星归来的NEW TYPE战士西罗克的交手，以及与被提坦斯进行人工NEW TYPE化的"强化人"少女罗莎米娅及凤的相识与离散……对卡缪而言，与亲人的死别等各种悲欢离合的经历实在是来得太多、太突然了。
为了应付更严酷的战争，在卡缪的设计基础上，属于布莱德指挥的旗舰"亚加玛"号上的高级技师亚斯特那奇，加入月面的阿纳海姆社，在那里研制出了性能极高的可变型MSZ-0062"Z高达"，在Z计划的开发过程中，同时推出了MSN-100型"百式"与MSA-005"美塔斯"等机种。金色的百式成为柯特罗的座机，美塔斯则由卡缪青梅竹马的少女花云丽驾驶，在Z高达成为卡缪的专用战机后，MKII由艾玛操纵。
装备一新的奥古眼看将大显身手，谁知晴天霹雳一个一个接踵而来。8月17日，奥古的领导人布列克斯准将遇刺身亡，紧接着在24日，提坦斯开始实行将殖民卫星投向月面都市格拉纳达的作战计划！卡缪与战友们一起，和宿敌捷利特、以及阴险的提坦斯军官雅森等，再次展开殊死搏斗，并终于阻止了一场巨大灾难。
捷利特面对又一次失利，变得更加急躁，他在SIDE2宙域，突袭奥古的旗舰亚加玛。然而，卡缪又一次挡在他面前，眼看捷利特命在旦夕，捷利特的恋人玛雅，为了救所爱的人驾机冲上，舍身承受了Z高达发出的致命一击！
正当奥古与提坦斯之战如火如荼之时，10月12日，在哈曼·卡恩领导下的阿克西斯，已到达地球轨道。继任奥古指挥者的柯特罗，面对腹背受敌的困境不得不与哈曼会面交涉，但一直爱慕着柯特罗（夏亚）的哈曼，在政治、军事的决策上却与柯特罗针锋相对，并对柯特罗冷嘲热讽……
柯特罗与布莱德及汉肯等奥古领导层认识到，只有将提坦斯的罪行公诸于众，才能拥有更多一起反对提坦斯的同志。因此决定趁联邦议会在地球召开，占领达卡尔的议会，并在现场揭露提坦斯的罪恶，阐明奥古的观点。为此，奥古军向地球降下，与地球上的反联邦组织"卡拉巴"联手。然而，在攻击提坦斯的乞力马扎罗基地时，已被敌人控制了大脑的凤，驾着巨型MS"精神力高达"出现在卡缪的面前，并且捷利特也同时袭来，一场恶战以凤的死亡告终……
11月16日，在卡拉巴的协助下，柯特罗以武力进入达卡尔联邦议会堂，并控制了转播系统，恢复夏亚身份向全人类进行演说。
对夏亚的演说，整个地球圈居民产生激烈反响，原本低调而中立的SIDE2等地亦爆发了大规模的反提坦斯运动。然而，提坦斯竟毫不犹豫继续以虐杀政策来镇压。12月间，提坦斯用卫星激光炮及剧毒瓦斯毁灭了SIDE2的数个殖民卫星，又一次使几百万人丧生。
提坦斯至此已人望尽失，加米托夫亦被西罗克刺杀。西罗克转而与哈曼联手，欲与奥古及提坦斯决一胜负。
0088年2月22日，奥古终于与阿克西斯及提坦斯展开三股势力的大决战！
战火熊熊燃烧，无数人的生命消失在烈焰中，在卡缪击毙西罗克为死亡交响乐画上休止符时，除了布莱德、花云丽及亚加玛舰上的人员外，其余所有人不论敌我均死伤殆尽，连夏亚与哈曼也在战火中消失，生死不明。卡缪终于活了下来，但他的精神业已因过度膨胀的NEWTYPE能力超负荷使用（一说亦与西罗克的精神攻击有关）而完全崩溃。之后在花的细心看护下，卡缪经疗养终于逐渐恢复，然而对生涯中这段既紧张又悲惨的日子的回忆，无论到何时都将烙印在他的心头。
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