新劇場版では13体（ゲンドウの台詞より）。本作で登場する使徒はいずれも倒される際に破裂・溶解し血を噴き出すため、血の雨とともに周囲は一面血の海となる。コアを含め使徒の組織は一切消滅するが、シャムシエルの触手のみは後に残る。
サキエル
本作では第4使徒である。能力・形状ともほぼ変わらない。戦闘のあらすじもほぼ前世紀版と同様。
シャムシエル
本作では第5使徒である。背面には前世紀版のガギエルのように、サキエルと同じ顔がついている。攻撃に使うわけではないが、腹部の足を盛んに動かす。なお、顔面に相当する部位にも短い触覚のような足が2脚みられる。
プログナイフでコアを破壊された後、2本の触手を残して消失した。このため、戦闘後にリツコが遺骸を分析して使徒と人間、エヴァとの遺伝子的類似性を指摘する場面は登場しない。
ラミエル
本作では第6使徒である。正八面体を基本とするが、攻撃時にはありとあらゆる形態（複雑で幾何学的な立体）に目まぐるしく変化する（この際は中央にコアが見える）。また、ジオフロントへの掘削攻撃に用いるドリルも、正八面体の下部がソフトクリームのように伸びてドリルを形成する。攻撃力は前世紀版より強化された模様で、連射なども出来る。
ヤシマ作戦においては陽電子砲による1回目の狙撃で負傷する。全身がウニのようなトゲトゲ状になり、血を噴き出して叫び声を上げるが、致命傷とはならず反撃する。しかし零号機の盾に阻まれ、陽電子砲による2射目で殲滅される。なおその際にはジオフロントまで到達したドリル部も破裂しネルフ本部に血の雨を降らせた。
リリス
本作では当初よりリリスとして扱われており、ラミエル戦で攻撃を受け気弱になったシンジに対してミサトが見せた。形態は前世紀版とほぼ同様だが、仮面がサキエルなどに似たもので、胸に傷があり、ロンギヌスの槍の他にも小さな槍が多数刺さっている。
タブリス（渚カヲル）
ヤシマ作戦終了後、本作のクライマックスにおいて月面で目覚める。現段階ではシンジと面識はないはずだが、彼はシンジの事を知っているようである。なお、近くには前世紀版のリリスのような物体が安置されている。
