两者最大的区别就在于，电磁炮显示的是科学都市明的一面，而魔禁展示的是科学都市暗的一面。
仔细回忆电磁炮的情节，不难发现，直到23集为止，炮姐四人组根本就是在那小打小闹，（这些事件让暗部们出马立马搞定，但是可能根本不需要他们来解决吧）根本不知道自己将要面对什么样的命运。看电磁炮就好像在看虚伪的和平一般，终有一天那虚伪的和平必将褪去。
而魔禁中各种阴谋、黑暗都明朗化，起码让我们知道在那日常之下，阴谋和黑暗涌动着
然后，最重要的妹妹篇，炮姐第一次从虚伪的和平中摆脱出来，认清了学园都市的本质，这也正是电磁炮与魔禁最重要的接交叉点。
的确，从这个角度来说，电磁炮第一季的确不应该出现妹妹情节，并不只是因为漫画小说还没到那里，而是因为这样就完全推翻了电磁炮的基本氛围。
