海の平和を守るため、世界各国の精鋭艦が結集したPKNは、その結成式で世界征服を企てる正体不明の組織・USRから奇襲攻撃を受ける。USRのレッド提督が率いる潜水艦UXの前になすすべもないPKN艦隊だったが、日本の旧式艦・707号の速水艦長による決死の操艦によって危機は回避された。一年後、大破した旧707と入れ替わるように新造艦707II号が出航。乗組員の中には、かつて練習生だった賢次、五郎、千太の少年たちもいた。PKN陣営は、アメリカの誇る最新鋭艦であるグレート・ガーディアンを中心とした対潜艦隊で作戦に挑む。しかしU潜水艦隊の攻撃は激しく、PKN艦隊は全滅してしまう。そこに707が到着した。レッドは707を確認するや、宿敵との再会に歓喜し猛攻を開始する。敵艦魚雷をかわしつつ渓谷に隠れる707だったが、敵の狙いは渓谷を崩し、乱泥流を起こして707を巻き込んでしまうことにあった。ピンチの707はクレーターに逃げ込むが、そこは潜水艦にとって浮上不可能な真水層。絶対絶命！無数の敵魚雷が707めがけて発射される……
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