174《20年的杀意，新佛尼号连续杀人事件》2小时特别篇
对应漫画：
播映时间：2000年01月03日
简介：小兰看到去小笠原参加免费海豚旅行的广告之后，报名参加了。乘客中据说有当年蛟崎和小五郎一起追捕过的影子计划师叶才三。服部收到了叫古川大的人寄来的信，也参加了这个旅行团。后来船上发生了爆炸，那个被烧死的男人是……？并且企图解开谜题的平次也被人袭击了。
184《诅咒的假面在冷笑》1小时特别篇
对应漫画：
播映时间：2000年03月13日
简介：小五郎他们去参加为了交通事故的孤儿们的慈善活动，被邀请到发起者的社长家里。社长的苏芳红子在收集面具。连被称作被诅咒的假面的面具也用来装饰。为了不让这些面具出来作怪，晚上0点就会把这件假面之屋锁掉。当天晚上苏芳红子在自己的卧室被杀害，卧室上了两道锁，处于密室状态。同时在苏芳红子的尸体周围被诅咒的假面散落了一地。这真的是诅咒吗？
208《通向迷宫的入口，巨大神像的愤怒》1小时特别篇
对应漫画：
播映时间：2000年10月09日
简介：小五郎等人被邀请参加天部山缆车的揭幕仪式，然而当地居民中，反对缆车开通的呼声不绝。第二天开幕式，在进入漆黑的通道的缆车中，堂本观光的社长突然消失了。出了通道，缆车上的众人发现社长的尸体出现在神像的手中。
219《被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德》2小时特别篇
对应漫画：
播映时间：2001年01月08日
简介：打算盗取铃木财阀家的黑珍珠BLACK STAR的怪盗KID，想起了以前关于钟台的一个事件，那是工藤新一和怪盗KID的第一次交手。另一方面，小五郎的事务所里收到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏，但侦探们一个一个消失，最后留下来的侦探是谁？召集侦探们的犯人的真实身份是……
263《大阪双重迷案-浪花剣士与太阁之城》（2小时特别篇）
对应漫画：
播映时间：2002年01月07日
简介：浪花的体育馆正在举行高中，大学剑道部的地区比赛。服部平次的改方学院是优胜的候补队。而新内大的垂水在体育馆的仓库内被杀害。发现人是新内大的面谷，胴口，小手川，袴田。剑道部队员。垂水之死的迷向平次挑战。来大版观光的柯南与平次一行偶遇秀吉爱好会旅行团（糟屋、福島、片桐、脇坂）。然而其中的一人，加藤在天守阁出燃烧并坠落。加藤紧握着平次的伞而死亡
304《震动的警视厅 1200万人质》2小时特别篇
对应漫画：
播映时间：2003年01月06日
简介：处理邮局强盗事件后，佐藤刑事想起了3年前的连续炸弹事件。忘不了用自己的生命来换取炸弹所在地点的松田刑事。然而，与3年前同一天的11月7日，又收到炸弹预告的传真。发信人似乎与3年前连续炸弹事件的犯人是同一人。佐藤、高木2刑事与少年侦探团开始从传真的文字内容推理炸弹的地点。
342《豪斯登堡的新娘》1小时特别篇
对应漫画：
播映时间：2003年11月17日
简介：由于受园子的邀请柯南和兰为了要出席大贺财团继承人大贺真哉的结婚酒宴乘新干线去了豪斯登堡。在途中柯南一行人遇上了做玻璃小酒杯的员工高桥纯一。但是第二天的结婚仪式前发生了新娘的化装间里的大贺家家宝红宝石戒指失踪事件。还有新娘香取茜草也不知道被谁绑架了…
345《与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案》2小时特别篇
对应漫画：
播映时间：2004年01月05日
简介：兰收到暗示有杀人预告的万圣节晚会邀请函的小五郎和园子两个人去了晚会会场。另一方面、新一同样收到了一份一样的邀请函。而且新一和柯南是同一个人也渐渐暴露了。柯南用麻醉枪让拼命阻止他的哀睡着了。在幽灵船会场上扮成亡灵船长的举办人是某游戏开始了。但是发生了举办者被杀事件。与此同时、朱笛出现在被一个人留在家里的哀的面前
356《怪盗基德的惊异空中步行》1小时特别篇
对应漫画：
播映时间：2004年04月12日
简介：园子的亲戚，铃木财阀的顾问次郎吉在报纸上发出了一张给基德的挑战书。让他来盗取大宝石“大海的奇迹”……基德接受了挑战，说他前一天会演一出好戏。惊慌失措的警察们戒备森严，就在这种情况下，基德登场了！！到底女神微笑的是侦探！？还是怪盗！？
383《甲子园的奇迹 绝不能输给看不见的恶魔》2小时特别篇
对应漫画：
播映时间：2004年12月20日
简介：在木山家具社长马鸟宅留宿的柯南他们，在他自傲的石庭中部发现横躺着的被绞杀的马鸟社长。犯人恐怕在出席晚餐的4人中。但是，如何不留足迹将尸体运到庭院中部？柯南还在与事件的迷作争斗的时候，小五郎说他已经明白了。
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
对应漫画：48F9-49F4
收视率：暂无
播映时间：2006年1月9日
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。
小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。
随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理…。
