其实我非常赞同这是一部有神性的动画，试图通过“平行宇宙”或是“多重世界线”的角度去理解必然会出现混乱。
首先为什么三叶和泷之间会发生交换？而且两人交换的时间正好是13年糸守町被彗星毁灭前的一个月时间，而不是更前面。我觉得不妨从糸守町的守护神的角度看，其实就很好理解了：
因为对于这个古老的小镇来说，一直都在隐世供奉着彗星神，而且依我看，那块位于隐世的石头（石洞之上那块大石头），很可能就是一块大陨石。是不是2400年前或是更早的周期中坠落到这里的就不知道了。而糸守町的人们一直都将彗星看作神物，所以按照彗星的形态编制绳结，从而创造出了“组扭文明”，这事实上就是一种对神明的崇拜。而且我们看到在动画中，泷实际上在喝下口嚼酒后是发现了刻在石洞中的彗星图腾，而且很明显是有分裂成两个的轨迹，这说明很可能在2400年前或更早，也可能就是目睹了1200年前彗星陨落的当地人受到震撼，在岩壁上画下了当时的场景。当时发生分裂后砸向地面，从而形成了那个陨石湖（名字我一下记不起来了），这也可能就是一种灾难的预示，之后也可能会发生彗星分裂，砸向糸守町的事情。（预示13年糸守町被毁的灾难）
//也可能在古时候，也发生过在彗星坠落之前一段时间，类似三叶和泷之间因为交换身体而相恋，最终一方穿越到彗星毁灭村庄的时刻，疏散了村民躲避，拯救了大家和自己的恋人的故事。从而让那时候的村民觉得是有神的庇护才使得他们逃过一劫，才有了“彗星崇拜”，并最终发展出糸守町自己的“神社文明”以及“供奉口嚼酒”的古老传统//
而在彗星临近，即将砸向糸守町的一个月前，13年的三叶作为宫水神社的继承人，和3年后的泷（16年）发生了灵魂交换的奇妙事件，这可能就是一直被糸守町供奉于隐世的神明为了要拯救糸守町的子民，而利用神力产生的。至于为什么是选择16年的泷而不是其他人来跟三叶交换灵魂，我的理解是，也许神明觉得，虽然跟17岁的三叶同岁的人很多，但是“灵魂契合度”最高的，就是16年的泷。冥冥中的安排，这就是“缘”，就和现实中，你为什么会和她认识相恋，而不是其他人。
那么，神明要让三叶（实际上宫水一族就是巫女）和泷互换灵魂的目的，我觉得就是让男女主通过交换，各自进入到对方的生活。并且发生肌肤上的接触（比如摸咪咪，摸XX之类），从而让还在青春期的男女主迅速地坠入爱河，成为恋人。然后预演彗星落地后砸毁糸守町，死亡500人，三叶一家全灭的悲剧。10月4号之后无法联系到三叶的男主，因为思念，一定会踏上寻找糸守町，寻找女主的旅途，最终发现了小镇被毁，村民和恋人全灭的悲剧，泷必然会凭借利用三叶身体供奉口嚼酒时的记忆，顺利的找到神体的位置，并喝下口嚼酒，让归于隐世的三叶的灵魂和自己的灵魂相溶（这里我认为口嚼酒里是三叶的完整灵魂，一半是之前纳奉的，一半是死后归隐的），穿越到灾难发生的当日去执行拯救糸守，拯救爱人的计划，并触发黄昏之时的相会。最终在泷的帮助下，死过一回的三叶改变了糸守町500村民的命运。也改变了历史。
简要地说，神明让泷和三叶交换灵体，互相认识的目的，就是为了让泷去拯救糸守町的村民。拯救糸守町传承千年的文明。没有这个目的，也就不会产生交换了。
而且很有可能在1200年前或者更久远之前也发生过类似的故事——即在陨石湖成型的那一次彗星坠落，因为某个人受到神秘力量的指引而发生魂穿，从而预先察觉了灾难，然后告诉村民躲避而避免了那次彗星撞击，幸存的村民回到湖边，重新建立起村庄，并逐渐发展成糸守町，因为感谢神明的恩德而建立起来“组扭崇拜”和供奉彗星神的“神社文明”
魂穿开始 两人相恋
所以整个的世界线其实是以2013年的10月4日作为一个关键的分界点，在10月4日之前一个月左右开始，彗星临近地球，13年的三叶和16年的泷开始发生魂穿现象，两人惊讶不已，渐渐的三叶和泷开始接受甚至开始享受这种“魂穿”，三叶帮泷追奥寺前辈，并促成第一次约会，但是在这个过程中，三叶发现自己喜欢上了泷，并在10月3号这天前往东京寻找泷，在电车上与13年的泷相见，泷完全不认识他，三叶伤心至极，但送出了头绳，试图做最后的努力。希望男主能够对她回想起来。（因为三叶还没意识到三年的时间差）
三叶剪发 互换不再
当晚赶回糸守町，并于早上叫婆婆剪掉了头发，事实上剪断了她和泷之间的灵魂联系。所以从10月4日早上开始，泷和三叶失去灵魂的连接，再也无法发生魂穿。
目睹糸守町悲剧 男主开始拯救计划
短发的三叶在10月4日这一天，从早上一直睡到黄昏之时才醒来，而后穿上浴衣前往参加祭典，然后彗星分裂，砸向糸守町，女主目睹了糸守町的毁灭并死亡。而三年后同一天，男主和奥寺前辈的约会失败，因为奥寺看出他移情别恋了。所以约会提前结束，男主沮丧不已，试图约出三叶，但发现电话打不通（16年的三叶早已死亡。）之后再也无法交换身体，泷开始踏上寻找三叶的旅途，并最终发现了糸守町在三年前毁灭，女主一家全灭的悲剧事实，凭借记忆找到神体，喝下口嚼酒。让三叶的亡魂进入自己体内融合，并利用口嚼酒作为媒介强制触发身体交换。回溯到10月4日早上控制了短发三叶的肉体，并执行拯救计划，但说服三叶父亲失败后，绝望之余感应到三叶的亡魂在神体附近苏醒（因为口嚼酒的关系，使得三叶和泷的灵魂再次取得连接，因此可以彼此感知对方的灵体），于是一把夺过敕史的自行车，向神体疯狂骑去。（印象有句台词，在说服镇长失败后，他自言自语道三叶的话，也许可以说服他父亲，也就是镇长），在下午时分赶到神体附近，但是此时的泷（三叶身）是处在13年的时空中。而在石洞中泷的身体里苏醒的三叶亡魂是处在16年的时空中，所以直接导致三叶（泷肉身）在走出洞穴后，发现了两个陨石湖，得知了糸守町毁灭，自己死亡的事实。她（泷肉身）在环形山顶呼喊之时，前来寻找她的泷（三叶身）发现了。最后终于在环形山顶相会，并在黄昏之时见到了彼此。
黄昏之时 彼方为谁
这是男女主第一次真正意义上的见面，但是在不同的时空中，前面很多大神也分析过了，在黄昏之时这一瞬间，其实三叶的亡魂回到了自己的本体，而泷也回归了16年的自己体内。换句话说，这时候短发的三叶体内是已经拥有一次死亡经历的女主，不再是之前那个女主。事实上，在男主喝下口嚼酒，强制交换到10月4日早上三叶体内的时候开始，整个世界已经开始重构，因为前面我们都看到，短发的三叶从4号这天开始已经失去和泷的灵魂连接，并且在家睡了一天并未外出，直到晚上去参加祭典。那么在黄昏时分，其实回到自己肉身的泷，其实是瞬间穿越到13年短发三叶的时间线上了，因为背景是一个陨石湖。在告知三叶小镇被毁灭的命运和自己的拯救计划之后，并将头绳送还给三叶，并承诺互不相忘。但太阳下山，黄昏时刻消失，16年的泷和13年的三叶的时空纽带瞬间断开。失去头绳这一唯一和三叶相关的事物之后，泷瞬间忘却了三叶的名字。三叶把头绳扎起，奋然起身继续去执行泷的拯救计划，并最终说服父亲发布疏散公告，挽救了500村民的生命。而失去记忆的泷，回到自己16年的时间线，在山顶睡了一觉就回去了。
故事梳理到这里，就出来一个矛盾了——头绳存在两根？
在发生强制交换的10月4日早上开始，整个世界线开始改变，当黄昏之时男女主山顶相会之时，应该还有一个13年的初中生泷，正在家中看着彗星电视直播，而这个13年的泷在昨天才从一个陌生女孩的手里接过红头绳，而黄昏之时，来自未来的泷又将头绳还给了已经是短发的三叶，那么在13年这条重构的世界线上，就会存在两条红头绳了，根据世界线保持本体唯一性的原则，在黄昏时刻结束后，16年的泷瞬间回到自己16年的时间线。那么红头绳应该也不会保持两条，从影片里我们看到，在山顶相会之后，女主一直把头绳扎着，那么我大胆的猜想一下，只可能初中生泷在前一天从三叶那里获得的头绳被世界线修正掉，一如开始时，手机里短信、日记的消失一样。因为某些事件改变而引发的一系列修正、重构。那对于13年的泷来说，即使头绳消失也不会感到奇怪的，因为毕竟本来就是陌生人给的，最多就当遗失处理了。不知道这样的解释能否说得通。
新世界的三叶，拥有死亡和交换的模糊记忆
那么就是说，在这条三叶得救的世界线上，三叶因为时间的流逝，渐渐忘却了泷的名字，但是对于曾有一个男孩穿越过来，帮助自己拯救村庄的事，应该还是有些许模糊的记忆残存，并且这条线的三叶是拥有之前死亡记忆，以及交换记忆的。可以说，黄昏之时，泷是帮助三叶的亡魂在本体复活了。所以相比泷，在这条重构世界线上的三叶，会有更多关于泷，关于交换的记忆。也可能跟她一直带着头绳有关（有大神也分析过绳结是一种灵媒，可以寄宿人的感情）。
那我们再来看下重构世界线中，泷的状态应该是怎样的呢，13年10月4日黄昏，一无所知的泷在家里和父亲津津有味的看着电视直播，而此时环形山顶上，来自16年的泷在和13年的短发三叶生离死别。10月4日晚上，彗星进入近地点发生分裂，坠落到糸守町，村庄毁灭。但村民因为穿越过来的泷和重生的三叶的努力，而得以脱险。13年的泷从新闻里看到了这一切，并在自家阳台上看到彗星陨落的壮丽场面。10月4日之后，糸守町不复存在，变成两个陨石湖，但是村民开始在别处安家，糸守町的人们开始四散分离。当然这块其实电影也不是交代的很清楚，也有一种可能是，一部分村民继续在糸守町原址附近的高地上重建家园，另外一部分迁移至别处生活。
泷继续过着自己的生活，并且在16年的时候，仍然在东京过着自己平淡的生活，也就是说，我认为在10月4号这天，糸守町村民和三叶一家得救之后。当时间翻到3年之后，泷再也没有和13年的三叶发生过互换身体的事件。从神明的角度来说，既然村庄已被拯救。三叶和泷互换身体，相互认识的需求自然消失了，也就是说，在重构世界线上，13年10月4日彗星坠落，糸守町消失之后，女主带着头绳，开始了新的生活，并在高中毕业后下意识的来到东京工作。也是在无意识地寻找着泷。前面说过，此时的女主是拥有前面死亡记忆和交换记忆的，虽然很模糊。可是对于男主来说，因为在16年没有发生过灵魂交换，也就失去了认识三叶的契机，一直到2021年两人再次相遇，我觉得新世界的泷都是不认识三叶的。最多只是模糊的记得多年前，有个女孩在电车上给过他红绳结。但是绳结也找不到了（被修正了）。
新世界的男主，为何会去到神体？
然后，对于男主前往神体的这一段，按照逻辑是说不通了，因为既然没有互换，也就不可能和三叶相互认识，又怎么会去神体呢？看看影片里怎么说的，他自己记得和前辈和司一起去到神体那边，然后好像是吵了一架，自己在山顶睡了一晚就回来了。所以现在的问题就是，在16年泷在原先的旧世界线上为了拯救三叶而去往神体的事件为分割，在新世界里从13年的泷生活到这时，是怎么会又突然想到前往神体去拯救三叶而去喝口嚼酒了。中间因为失去交换，也就出现了空白档了。这里谈谈我的假设：
其实在三叶和糸守町所有人得救的这条重构世界线里，我们知道肯定是存在一个本身就生活在这条世界线上的泷，因为当旧世界线的泷穿越到13年10月4日当天早上三叶的身体里时，我们看到的是一个短发的三叶。明显头绳已经按照旧世界线的事件触发路径送给了还是初中生的泷。这也从侧面印证了重构世界线上泷是确实存在的。那么我们其实发现，还有一个在山顶经历了黄昏时分，回到16年时间线，然后失忆，在山顶睡了一晚后回家的泷，这个泷是拥有交换记忆和拯救女主记忆的，虽然大部分丧失了。这么一来，其实我们发现了，在重构的世界线中，在16年的时候会同时存在两个泷，一个是经历了黄昏时分与13年三叶见过面的泷，还有一个是原本就生活在这条世界线上的泷。
问题就来了，根据世界线保持本体物理唯一性的原则，必定是有一个本体会被修正的。那么这里我觉得，应该是原本在山顶上经历了黄昏时刻的，拥有旧世界线记忆的泷，他的肉身被修正掉了，但是他的灵魂（也可以说记忆）会寻求最适合的寄主；很显然，新世界的泷最适合。所以其实对于重构世界线的泷来说，很可能是拥有两份记忆，一份过去拯救女主，经历黄昏时分相会的记忆，另一份本来在这条世界线上生活的记忆。只不过旧世界的记忆被压抑在潜意识中了，如果没有特定的事物触发既视感，基本是不会记起来了。
那么回到开始的问题，在这条三叶得救的新世界线上，泷是否去过神体呢？由于电影中基本没有涉及这块的情节，所以我们只能说，有可能去过，也可能根本就没去。这听起来像废话。我们分别做一下假设：
1．新世界的男主去过神体附近，但去神体的时间不确定，但目的肯定不是去救女主和糸守町了，前面我也说过，在新构世界线里，男女主不会再发生互换，泷自然不会认识三叶。那么去神体附近的目的，我大胆的猜测，因为13年还是初中生的泷在家中观看到彗星陨落的壮丽景观，被深深吸引后。和前辈一起去到陨石坑附近查看，发现糸守町遗址，以及神体。在山顶度过一晚后回家。当然这个纯属个人猜测的一种可能性。
2．新世界的男主根本就没去到神体附近，因为他和三叶之间不会发生交换，两人失去相识的契机，后续的事件触发自然都消失，那么自然泷也就不会到神体附近去。至于他后面关于在山顶的记忆，很可能是旧世界男主灵魂被修正到他体内后，造成的记忆混乱所致，所以关于有没有去过神体附近，其实泷自己也无法分辨是梦境还是现实。（最后电影里这段他自己的表述就是记不太清了）
这样一来，其实很清楚了。由于世界线的修正，其实原先那个拯救女主的泷是被抹掉了，但是记忆被新世界的泷所继承，但是被压抑在潜意识中，一般无法回忆起来。后面看到女主头上的绳结后触发既视感，使得他非常在意，其实就是潜意识里旧记忆的作用。前面在电车里望着自己的左手发呆，应该也是旧记忆的既视感使然。
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那么在2021年，也就是陨石坠落的8年后，泷开始就职活动，并且时常对着自己的左手发呆，这是不是暗示前世的记忆残留？说起来就蛮玄妙的了。但是他对红头绳有着模糊的记忆这点，应该是不假的。对于自己好像在寻找着某人，是不是因为旧世界线里自己去拯救三叶的行动而残留的记忆？也有可能吧，这种感觉其实很玄妙了。
他们最终在楼梯上相遇，并互问名字。我觉得也许是三叶最先察觉到泷的身份，而泷很可能是因为被红头绳吸引，触发了自己某些既视感，而开始追寻三叶，但是未必察觉到她的身份。所以在楼梯上，泷先开口发问，而不是三叶。因为比起三叶，泷更想确认对方的名字。那么大体就是：
25岁的三叶心中独白：他就是拯救了我和糸守町的人，我认得出
22岁的泷心中独白：总是会不时地梦到有一个女孩送头绳给我，好像就是她吧，她是谁？
