我也没有完全了解MU和巴贝姆的关系，自己的理解是这样的（带一些猜想）：
MU大陆的历史应该是在亚特兰蒂斯之前，最后阶段与亚特兰蒂斯有短暂的重合，一种传说是MU衰落之后，一部分人潜入地下一直生存着，而另一部分人加入亚特兰蒂斯文明，而后来亚特兰蒂斯沉没前，有少部分的亚特兰蒂斯人辗转到达南美大陆，成为后来的那瓦克人的前身，那瓦克人由玛雅，阿斯特克，特得斯科3个宗族组成，这也就是RX中并用MU,玛雅和阿斯特克神话的基础。
巴贝姆曾经是MU的一员，而且RAHXEPHON SYSTEM是他的作品这个是没有问题的，具体MU和巴贝姆的关系我是这样理解的：RAHXEPHON是为了大周期到来所准备的，按玛雅神话，到达大周期这一天，9大行星会排成十字，然后世界重新净化，而RAHXEPHON SYSTEM是用来完成这个净化的装置，MU和巴贝姆至少在净化的结果上有不同的意见，可能因此巴贝姆被放逐到人间了。
对于MU是外星人这点，坚决反对。我认为MU是一直存在的，只是它位于另一重空间，所以平时是不可见的，并不是外星人突然降临。直接的证据就是，第一集中三轮有这样一句话：“HIRANIPURA回到原始坐标”，之后这座MU的空中都市便消失了，明显地说明，MU的都市并非不存在，只是次元空间不同，因而不可见。另外，久远和麻弥姐妹从MU的世界来到人间，也是通过“逆神隐”，也就是从另一空间来到人间，这个也很说明问题，如果按外星人来解释，MU还没降临到地球，她们两个从何而来？
麻弥和久远被六道教授收养，麻弥过了17岁，没有得到OLIN的资格，而久远进入冬眠状态，纳入巴贝姆财团的保护之下，并把久远的基因和负责研究的神名士郎的基因整合，制造出双子的OLIN—绫人和树，所以绫人姓神名是应该的，但麻弥是不是真的嫁给了神名士郎，我觉得倒不一定。她觉醒了，明白了自己是MU族，而且MU族需要一个OLIN倒可能是真的（否则绝对是巴贝姆独霸世界），因为自己已经过了17岁，没法成为OLIN，所以她必须要做绫人的母亲，把他带到MU的一边，而不是让巴贝姆把OLIN全都得到。之后就是MU去想一个办法把绫人的年龄“固定”在17岁之前，并且把他隔绝到巴贝姆的势力范围之外，这个办法就是TOKYO JUPITOR。但是这里有一个疑问，就是巴贝姆为什么眼看着麻弥把绫人带走而根本不管？也许他和MU有某种协议？也许他就是故意要让给MU一个OLIN，最后想看看世界到底属于哪种意志？这么想的话他还颇有胆识。而且麻弥肯定只是作为一个信使去把巴贝姆的礼物送给MU，“去东京结婚”只是去MU的领地的一个理由。唯一不通的地方就是干嘛他后来还要指使TERRA去把绫人抢回来……我也不明白
那么TOKYO JUPITOR呢？为了使大周期到来的时候绫人正好处于适格的年龄，就必须让OLIN的生长时间和外部环境的时间处于不同速度，对此，后来成为MU的CEO的麻弥和巴贝姆采取了不同的方式，MU制造了TOKYO JUPITOR，而巴贝姆采用维生模块来固化久远的年龄，也就是说，MU和巴贝姆各得到一个OLIN，互相分隔进行培养，期望他（她）能代表自己的意志。毕竟RAHXEPHON SYSTEM的运转需要黑白两个RAHXEPHON来完成，而他们之间的争斗实际上是代表了MU和巴贝姆的意志，哪一方的意志获胜，世界净化之后的样子便按照哪一方的安排来整合。MU和巴贝姆自己并不能改造世界，而是通过培养自己的OLIN来间接传达自己的意志，所以MU和巴贝姆之间既相互需要（需要对方的OLIN来完成系统），又互相矛盾（对完成的新世界意见不同）。虽然最后绫人落到巴贝姆手里，久远回到MU一边，两方也仍然各自获得一个OLIN，但最终绫人并没有受这两边任一方控制，久远虽然一度表现出屈从命运的态度，但最终并非完全按他人意志行事，最后一集中绫人所转变的真圣和久远所转变的黑耀石之蝶的战斗也以真圣的获胜告终，因此新世界以绫人的意志而非久远的意志为基础，唯一体现久远意志的地方就是她成为了结合树和绫人两者的大绫人的女儿，可以继续受到树的照顾。而后来出现的成年绫人并非只是绫人本身，而是树和绫人两兄弟的结合体，这样遥也不会继续去作对绫人有爱，对树有罪的女人了。最后一集最后一段是刚刚开始发掘出RAHXEPHON的时候，绫人和遥第一次见面的时候，两个人14岁，因此根本不是新世界形成才发生的事情，是倒叙。
另外，巴贝姆是个老谋深算的人，他在控制OLIN和黑色RAHXEPHON的同时，还在秘密制造了备用RAHXEPHON和备用OLIN，也就是量产型的VAMILION和一色真，小夜子等人。我觉得如果想了解这些，就必须看明白第15集，在这集中，一色所找到的那个泥土做的大疙瘩就是试验中的量产型RAHXEPHON，因为技术不过关，最后碎掉，经过研究最后得到的成品就是VAMILION，也就是作为系统的硬件存在的；而软件方面，也需要不断的失败，不断更新，一色就是他这个系列产品中的一个型号，他的老师是比他老的型号，而后来集体驾驶VAMILION与MU战斗的那些是比他新的型号，因为有了更新的型号，所以一色没用了，老头子就把他给放弃了，结局很惨。还记得吗？第15集中一色是想找自己的父母，但最后摔下来的时候，他在半梦半醒中看到了很多高矮胖瘦长相和自己一样的人，为什么作者非让他去找父母？因为他没有父母，只能找到他自己之前的那些型号，已经被废弃了的，只作为型号而不作为人被废弃了的那么多前辈。而七森小夜子，连一色的级别都到不了，就更是废品。他们甚至连名字都没有，大家仔细看这两个人的名字，一色真，姓是ISHIKI，这个字也可以写成“一式”，就象高达里的“百式”一样，仅仅是一个型号的称呼；而七森小夜子，是日语7.345的谐音，也就是女性量产型OLIN ver.7.345的意思，根本没有把她当作过人，而是当作软件来按版本号开发。他们只不过是老头子怕万一RAHXEPHON的计划失败，可以用来顶替的东西罢了。
其实“圣诞夜”那集里面，贰神让二和一色真喝酒的那段对话很有意思：
一色：圣诞节原本是庆祝冬至的节日，可是基督徒们却擅自把这一天变成了基督的生日
（大周期本来只是历法中的一个特别的日子，但是MU却认为这一天地球会重新整合）
贰神：你也是无神论者吗？
（你也不希望这样的事发生？）
一色：宗教和宗教活动可完全是两回事
（相信世界会更新和去完成这个更新是两回事）
贰神：小时候，当渔夫的爷爷和我说他看到了一头白鲸，之后他对我说“给你这个”就无缘无故地就把他心爱的匕首给了我，在下次出海捕鱼时，爷爷就再也没能回来。那时爷爷…应该已经知道他就要死了吧？你，怎么想呢？
（既然知道了这么做会让现在的世界毁灭，你们还要那么做，你是怎么打算的？）
所以实际上TERRA的态度也很微妙呢，他们知道巴贝姆想做什么，但是为了对抗MU，又成为暂时的同盟，成为巴贝姆争夺RAHXEPHON和OLIN的工具，也许他们也希望，最终世界的样子，可以按自己的方向发展吧……（以上是猜想，嘿嘿）
反正这个片子本身就是需要多看几遍去理解的，我也就能理解到这个程度，希望大家一起讨论一下具体的细节。至少我是这么认为的，这个片子最吸引人的是它的细节，当你理清了头绪之后再看第二遍，会发现里面有很多小的细节是那么的合理，很有意思。但是也可能象我一样，弄出一些错误的结论来，大家一起讨论，才可能得出全部的结果吧
